ファイル:2Newtutorial01.png

2022-03-03T01:50:33Z

Kamimura:

Tutorial01

2022-02-14T08:30:27Z

Kamimura:

<div><span id="Tutorial01" style="font-size: 150%;"> Fitting the complex refractive index by automatic mode </span> </div>
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: In this tutorial, we will use the C=O stretching region of dimethyl carbonate (DMC) as an example to show the automatic fitting procedure in ComplexRI.
: The ATR-IR experimental data file in this tutorial can be downloaded <u><htmltag tagname="a" href="https://comp.chem.tohoku.ac.jp/media/Tutorial/data_DMC_2col.txt" target="_blank">Here</htmltag></u>. Use Ctrl + s to save the file in your local computer. The file name is “data_DMC_2col.txt”.
: Then, please move to the Main Package page.
[[File:Nav-Main.png|1000px]]
: Upload the“data_DMC_2col.txt” in ① and set the other parameters according to the following figure. (For the meanings of each part, please refer to ➡[[En/ComplexRI#Manual|Manual]].)
:[[File:Newtutorial01.png|1500px]]
: Now, please click the “Execute Fitting” to start fitting.
<div id="Results of Tutorial01" style="font-size: 150%;"> Results of Tutorial01</div>
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: The Result should be like follows.
[[File:2Newres_tuto01.png|750px]]
: The meaning of each output can be found in ➡[[En/ComplexRI#Manual|Manual]]

[[Tutorial02|Tutorial02]]

チュートリアル02

2022-02-14T08:29:57Z

Kamimura:

<div><span id="チュートリアル02" style="font-size: 150%;"> 手動モードで複素屈折率をフィッティングしてみよう</span> </div>
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: このチュートリアルでは, エタノールのC-C-O非対称伸縮領域を使って、ComplexRIの手動フィッティングの手順を体験してもらいます。
: このチュートリアルで使うATR-IRの実験データは <u><htmltag tagname="a" href="https://comp.chem.tohoku.ac.jp/media/Tutorial/data_ethanol.txt" target="_blank">ここから</htmltag></u>ダウンロードできます。 Ctrl + sを使って、自分のPC上にファイルを保存してください。ファイル名は“data_ethanol.txt”となっています。
: 次にMain Packageページに移動してください。
[[File:Nav-Main.png|1000px]]
: ①に“data_ethanol.txt”をアップロードしてください。また、それぞれの入力欄に以下のように入力してください。(各入力については<u>[[Jp/ComplexRI#マニュアル|入力]]</u>を参照してください。)
:[[File:5Newtutorial02.png|1600px]]
: それでは“Execute Fitting” をクリックして、フィッティングを開始しましょう。
<div id="チュートリアル02の結果" style="font-size: 150%;">チュートリアル02の結果</div>
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: 結果は次のようになるはずです。
[[File:5Newres_tuto02.png|750px]]
: 各出力については<u>[[Jp/ComplexRI#マニュアル|出力]]</u>で説明していますので、ご参照ください。

[[チュートリアル01|チュートリアル01]]

チュートリアル01

2022-02-14T08:29:44Z

Kamimura:

<div><span id="チュートリアル01" style="font-size: 150%;"> 自動モードで複素屈折率をフィッティングしてみよう </span> </div>
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: このチュートリアルでは, DMCのC=O 伸縮領域を使って、ComplexRIの自動フィッティングの手順を体験してもらいます。
: このチュートリアルで使うATR-IRの実験データは <u><htmltag tagname="a" href="https://comp.chem.tohoku.ac.jp/media/Tutorial/data_DMC_2col.txt" target="_blank">ここから</htmltag></u>ダウンロードできます。 Ctrl + sを使って、自分のPC上にファイルを保存してください。ファイル名は“data_DMC_2col.txt”をなっています。
: 次にMain Packageページに移動してください。
[[File:Nav-Main.png|1000px]]
: ①に“data_DMC_2col.txt”をアップロードしてください。また、それぞれの入力欄に以下のように入力してください。(各入力については<u>[[Jp/ComplexRI#マニュアル|入力]]</u>を参照してください。)
:[[File:Newtutorial01.png|1500px]]
: それでは“Execute Fitting” をクリックして、フィッティングを開始しましょう。
<div id="チュートリアル01の結果" style="font-size: 150%;">チュートリアル01の結果</div>
----
: 結果は次のようになるはずです。
[[File:Newres_tuto01.png|750px]]
: 各出力については<u>[[Jp/ComplexRI#マニュアル|出力]]</u>で説明していますので、そちらをご参照ください。

[[チュートリアル02|チュートリアル02]]

ファイル:Nav-Main.png

2022-02-14T08:29:07Z

Kamimura:

Kamimura:

<div id="標準出力" style="font-size: 150%;"> 標準出力</div>
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[[File:Newoutput.png|750px]]
: 標準出力は上の図のようになる。
: 一行目の(①)はフィッティングが終了したときの残差です。この値が小さいほど、フィッティング結果が実験結果と近いことを意味しています。
: ②の部分はローレンツ関数のフィッティング結果を示しています。それぞれのローレンツ関数に対して<math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> が並んでいます。
: ③の部分はローレンツ関数によって計算された複素屈折率を目標領域でプロットしています。シアン色が実部で、マゼンタ色が虚部になっています。
: ④の部分は反射光の入射光に対する強度比をフィッティング関数によって計算された値とATR-IR実験から得られた値の両方について目標領域でプロットしています。ATR-IR実験から得られた値は赤、計算によって得られた値は緑でプロットされています。青はその差をプロットしています。

<div id="結果のダウンロード" style="font-size: 150%;">結果のダウンロード </div>
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[[File:DL.png|500px]]
: "Download the output file"をクリックすると、出力ファイルをダウンロードできます。

: 出力ファイルには、上で述べたような残差の値やローレンツ関数のパラメータ、グラフが出力されています。

: "Execute another Fitting" をクリックすると、Main packageのページに戻ります。入力は保存されています。

入力

2022-01-25T01:18:26Z

Kamimura:

: [[File:Newtoppage.png|1000px]]
: これはComplexRIの標準入力のスナップショットです。
: ComplexRIの入力は大きく二つに分類されます。左の部分は、ATR-IR実験の情報に関する部分、右の部分は複素屈折率のフィッティングのパラメータを調整する部分です。以下では、それぞれについて説明します。

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<div id="Information of ATR-IR experiment" style="font-size: 200%;"> Information of ATR-IR experiment </div>

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<div id="Input01" style="font-size: 150%;"> ①ATR-IR File </div>
: ここでは、ATR-IRの実験データをアップロードしてください。中身は以下のようになっている必要があります。
: [[File:NewFILE01.png|200px]]
: ファイル形式には二つのルールがあります。
: (1). テキスト形式になっている。
: (2). 各列は空白で区切られている。

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<div id="Input02" style="font-size: 150%;"> ②The order of data </div>
: データの並び方を入力してください。
:: Ascending order: 波数が昇順 (下の図の左側)。(デフォルト)
:: Descending order:波数が降順 (下の図の右側)。
:[[File:NewFILE01.png|200px]][[File:NewFILE04.png|220px]]

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<div id="Input03" style="font-size: 150%;"> ③Reflectance or Absorptance? </div>
: ATR-IRのデータの種類を選択してください。
:: Reflectance(%): 反射率のスペクトル。単位は(%)。(デフォルト)
:: Reflectance: 反射率のスペクトル。
:: Absorptance: 吸光度スペクトル。
: それぞれのデータは以下の関係を持っています。
:: <math> Reflectance(%)=Reflectance*100 </math>
:: <math> Absorptance=-\log_{10}(Reflectance) </math>

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<div id="Input04" style="font-size: 150%;"> ④The Substrate in ATR-IR </div>
: ATR-IR実験で使用した基質の屈折率を入力してください。ここには、よく使われる３つの基質は選択として用意します。
:: Diamond(Refractive Index = 2.38) (デフォルト)
:: Zinc selenide(Refractive Index = 2.40)
:: Germanium(Refractive Index = 4.0).
:Otherを使うことで基質の屈折率の値を入力することもできます。
:[[File:4_other.png|500px]]

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<div id="Input05" style="font-size: 150%;"> ⑤Incident angle in ATR-IR </div>
: ATR-IR実験のIR光の入射角を入力してください。(デフォルト=45°)

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<div id="Input06" style="font-size: 150%;"> ⑥Select the column of your data </div>
: 入力ファイルの中で解析したいデータの列番号を入力してください。
:: Wavenumber: 波数の列番号。 (デフォルト: 1)
:: ATR-IR data: 反射率もしくは吸光度の列番号。(デフォルト: 2)

: 例えば、以下のようなファイルをアップロードした場合は、１列目と５列目を選んで解析に用いることができる。
: [[File:NewFILE03.png|500px]]
: [[File:6_15.png|300px]]

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<div id="Control parameters of ComplexRI fitting" style="font-size: 200%;">Control parameters of ComplexRI fitting </div>

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<div id="Input07" style="font-size: 150%;"> ⑦Title of your job </div>
: 今回の解析に名前を付けてください。<span color=”red”>(※半角入力)</span>。結果は@Title.xlsxという名前のエクセルファイルに保存されます。

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<div id="Input08" style="font-size: 150%;"> ⑧Input the fitting range </div>
: フィッティングを行う範囲を波数単位で入力してください。ComplexRIはこの範囲でのみ解析を行います。
:: Minimum wavenumber: 波数の下限。 (デフォルト: 1636)
:: Maximum wavenumber: 波数の上限。 (デフォルト: 1863)

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<div id="Input09" style="font-size: 150%;"> ⑨Refractive index of target sample in non-resonance region (<math> n_j^0 </math>) </div>
: 目標分子の非共鳴領域における屈折率(<math> n_j^0 </math>)を入力してください。(デフォルト＝1.360)
: 詳細は<u> [[Theory#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]] </u>で説明しています。

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<div id="Input10" style="font-size: 150%;"> ⑩The tolerance of fitting </div>
: フィッティングの収束判定のしきい値を指定してください。(デフォルト: 0.02)
: 最小二乗法の残差は与えられた値よりも小さくなったらフィッティングが終了します。
: 詳細は<u> [[Theory#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]] </u>で説明しています。
:<span style color="red">注意!! この入力値が小さすぎると解析が終わらないことがあります。 </span>

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<div id="Input11" style="font-size: 150%;"> ⑪ Manually set the initial parameters </div>
: フィッティング関数のパラメータの初期値を自分で設定するかを選択してください。
:: No: 内部で自動的に設定されます。(デフォルト)
:: Yes: ユーザーが入力します。
: フィッティングにおいて、複素屈折率はローレンツ関数を用いて表しています。
:: <math>n_j=n_j^0+\sum_{l=1}^{l_{max}} \frac{A_l}{\nu_l-\nu-i\gamma_l}</math>
: <math> n_j^0 </math> ⑨での入力になっています。ローレンツ関数の本数<math> l_{max} </math>とそれに対応するパラメータ <math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> 初期値を決定する必要があります。
: <math> No </math>を選んだ場合、パラメータの初期値は<u> [[Theory#Auto Fitting| Automatically determine the initial parameters in fitting procedure]] </u>で説明されているようなアルゴリズムで自動的に決定されます。
: <math> Yes </math>を選んだ場合、<math> l_{max} </math> とそれぞれのローレンツ関数に対する<math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math>の初期値を自分で設定することが可能です。<math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> の単位は<math>cm^{-1}</math>で<math> l_{max} </math>の最大値は５になっています。
: [[File:11yes.png|500px]]