#!/bin/bash
# 系の作成個数を決める。
ndir=80

$HOME/FreeFlex/add2.exe add.nml system1.ms

#水、DCMのmsファイルが存在する場合、xyzファイルを作成する。
if test -e DCM.ms
then
$HOME/FreeFlex/ms2xyz.exe DCM.ms DCM.xyz
fi

if test -e water.ms
then 
$HOME/FreeFlex/ms2xyz.exe water.ms water.xyz
fi

#系の作成
#packmolを用いる際、system.inpに"seed -1"を追加すること。

for ((i=0 ; i<$ndir ; i++))
do
  dir=$(printf "%04d" "${i}" )

  echo $dir
  packmol < system.inp
  $HOME/FreeFlex/xyz2ms.exe system.xyz system1.ms system2.ms
  mkdir -p ../$dir
  mv ./system2.ms ../$dir/system1.ms                                                                             
done