Hirano: ページの作成:「　自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装はチュート…」

2026-05-26T03:11:09Z

ページの作成:「　自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装はチュート…」

新規ページ

　自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装は [[チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算]] を参照。

== 必須の変数 ==

;FEP_mode: FEP計算を行うかどうかのフラグ。default=.false.　これを .true. にするとFEP計算を実行する。

;FEP_lambda: 中間状態と両端のスケーリング係数λの一式。mpi並列数と等しい個数の係数を指定する。<br />
:一般的には以下のように書ける。(mpi 並列が k 個の場合)<br />

FEP_lambda = '<math>\lambda_1</math>
<math> \lambda_2 </math>
<math> \lambda_3 </math>
<math> \cdots </math>
<math> \lambda_{k-1} </math>
<math> \lambda_k </math>
'

:実際には、左端が 1 でどんどん小さくなり、右端が 0 になるように指定することが多い。
:以下に例を示す。(mpi 並列が 8 個の場合)

FEP_lambda = "1.d0 0.666d0 0.333d0 0.1d0 0.01d0 0.001d0 0.0001d0 0.0d0"

;FEP_list_A: 相互作用をスケールするサイトのリスト。
:msファイルの&systemのSITE_DATA の index の値を指定する。
:電荷、分極率、誘起双極子、LJ パラメータが以下のようにスケールされる。

<math>q = \lambda q_0</math>, <math>\alpha = \lambda \alpha_0</math>, <math>\mu = \lambda \mu_0</math>, <math>\epsilon = \lambda \epsilon_0</math>

:ここで、 <math>\lambda</math> は FEP_lambda で指定した <math>\lambda</math> を左端にあるものから順に
:mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられる。<br/>
:FEP_lambda が例で示したように与えられている場合には、ここで指定されたサイトのリストは
:初期状態(<math>\lambda_1 = 1</math>)で存在し、終状態(<math>\lambda_8 = 0</math>)で消滅する。

;FEP_list_B: FEP_list_A と概ね同様である。
:ただし、 <math>\lambda</math> は必須の変数：FEP_lambda で指定した <math>\lambda</math> を右端にあるものから順に
:mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられている点だけが異なる。
:FPE_lambda が例で示したように与えられている場合には、ここで指定されたサイトのリストは
:初期状態(<math>\lambda_8 = 0</math>)で存在せず、終状態(<math>\lambda_1 = 1</math>)で完全に存在する。

;FEP_output_file: FEP出力ファイルの名前。下のFEP0_output_file とセットで、下の FEPSHOW.exe で解析される。

;FEP0_output_file: FEP出力ファイルの名前。

== オプショナル変数 ==
;equil: 摂動計算を行わず、各中間状態に対して平衡化のみを行う。default=.false.

;FEP_bias_A: ネームリスト &biasdata のうち上から <指定した数値>番目のブロックが以下のようにスケールされる。

:<math>U_{bias}( \lambda ) = (1-\lambda) U_{bias}</math>

:ここで、 <math>\lambda</math> は必須の変数：FEP_lambda で指定した <math>\lambda</math> を左端にあるものから順に
:mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられる。

;FEP_bias_B: FEP_bias_A と概ね同様である。:
:ただし、 <math>\lambda</math> は必須の変数：FEP_lambda で指定した <math>\lambda</math> を右端にあるものから順に
:mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられている点だけが異なる。

&FEP および tools/FEPBIAS.exe中の&INPUT - 版の履歴

Hirano: ページの作成:「 自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装は チュート…」

Hirano: ページの作成:「　自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装はチュート…」