Hirano: ページの作成:「 == 指定が必須のパラメータ == ;ms_init_file: 入力に使う ms ファイルの名前。 ;xyz_traj_file: トラジェクトリを出力する xyz ファイル…」

2026-05-26T02:41:37Z

ページの作成:「 == 指定が必須のパラメータ == ;ms_init_file: 入力に使う ms ファイルの名前。 ;xyz_traj_file: トラジェクトリを出力する xyz ファイル…」

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== 指定が必須のパラメータ ==
;ms_init_file: 入力に使う ms ファイルの名前。

;xyz_traj_file: トラジェクトリを出力する xyz ファイルの名前。

;ms_last_file: 最終構造を出力するファイルの名前。

;nml_output_file: 設定情報を出力したnml ファイルの名前（未実装）。

;log_file: log を出力するファイル。

;ms_restart_file:リスタートに使う ms ファイルの名前。 n_restart_fileで指定された数だけmsファイルを残すため、実際のリスタートファイル名は後ろに "_n" が付く。 n が小さいほど最新のファイル。(FreeFlex_module.F の整数型定数n_restart_file として指定。デフォルトは2 に設定。)

;nstep: 総ステップ数。

== MD計算に使うパラメータ ==
;dt: 時間刻み (単位: s, default: 1.0d-15)
;T: 温度 (単位:K、default: 298.15d0)
;move_method:時間発展の方法。
:method = 1: NVE
:method = 2: NVT (old Nosè-Hoover, not recommended)
:method = 3: NVT(Nosè-Hoover Chain, default)
:method = 5: 速度スケーリング (瞬間温度一定)
:最急降下法により系の緩和を行う場合には、method=5およびT=0を指定する。
;N_nose: Number of Nosè-Hoover Chains. (default: 10)
;relaxtime: 温度の緩和時間（単位: s, default: 1.0d-13）
;v_correct: 速度が大きいときに補正するかどうかのフラグ。（default: .true.）
;maxmove: 1 step でサイトが移動する最大値 (単位: m, default: 0.10d5×dt)
;allowable_ratio_of_v_total:
系全体の速度として許される速度を決めるパラメータ。各サイトの平均速度に対する比として定義する。（default=3.0d0, ※ 未実装。現在のところ（2015/06/13）対応している値をソースコードに直打ちしているため。）
;rswitch_0, rcut, rswitch, rskin:
カットオフに関連するパラメータ。詳細は下記。 rcut が未指定の場合、最適化したパラメータが使用される。 (単位: m, default: rswitch_0 = 1.0d-10, rswitch= 6.0d-10, rskin=1.0d-10)

＊＊ Switching function ＊＊
1/rmod mod(1) 1/r mod(2) B0
|----------|------------|--------------|----------|
r 0 rswitch_0 | rswitch | rskin |
rcut

;ewald_accuracy: Ewald 法の精度。パラメータの自動決定で使用される。(default: 1.0d-6)
;ewald_ratio:Ewald法の実空間と逆空間の計算時間比 t^real/t^recip。パラメータの自動決定で使用される。(default: 1.0d0)
;ewald_sigma:Ewald 法における実空間の電荷の広がり (単位：m)。指定しない場合は自動で決定される。 Ewald パラメータ κ (『分子シミュレーションの基礎第二版』p.94 式(6.21) の α )Åの大きさが induced_Ethresh に規格化される。(単位: N/C、default: 1.0d11、参考値: 1e⁄(1Å)^2 =1.44d11 N/C)
;ewald_hmax(3):Ewald 法における逆格子の数。(default=[0,0,0]) 指定しない場合は自動で決定される。
;pme_mode: .true. のとき PME 法によって計算し、.false. のとき Ewald 法によって計算する。(default: .true.)
;pme_kappa: Ewald パラメータ。PME 法ではパラメータが最適化されないため直接指定する必要がある。Ewald 法で計算する場合は不要。(単位: /m, default: 3232106251.17377)
;pme_sporder: PME 法における B-Spline 補間の次数。次数は偶数でなければならない。(default: 6)
;pme_ngrid(3): PME 法における逆空間の格子点の数。これを指定しない場合、格子点の間隔で計算する。(default: 0, 0, 0)
;pme_dl(3): PME 法における逆空間の格子点の間隔。格子点の数が指定されていなければ、この値から格子点の数を計算する。(単位: m, default: 0.7d-10, 0.7d-10, 0.7d-10)
;calculate_pol: .false. にすると分極計算を行わない。
;calculate_ewald: .false. にするとEwald 法の計算を行わない。
;calculate_surf: .true. にするとスラブ系に対する Ewald 法の surface term の計算を行う。default では .false. であり、これは conducting (tin-foil) boundary に相当する。球形の境界条件等の場合にも拡張予定。
;calculate_press: .true.にすると局所的な圧力テンソルの計算を行う。defaultでは.false.である。
;nbin_press: 局所的な圧力テンソルの計算を行う際に、セルをz軸方向(界面に対して法線方向)にいくつ分割するかを指定する。(default: 100)
;induced_maxiter:誘起双極子計算における最大イタレーション回数。(default=50)
;induced_tolerance:誘起双極子計算における収束の判定基準 (C・m)。(default=1.0d-35)
1 D = 3.33d-30 C・m
;induced_Ethresh:induced における電場の閾値（N/C）。(default=10d11)
電場の大きさがこの閾値より大きくなる場合、その大きさが induced_Ethresh に規格化される。
(1 e)/(1 A)**2 = 1.44d11 N/C
;conductor_tolerance:導体の分極計算における電荷の収束判定の基準 (C)。default = 1.602d-25 C (= 1.d-6 e)
;calculate_1_4:同じ分子内の 1-4 ペアに LJ と coulomb の計算を適用するかどうかのフラグ。(default=0)
0 : 適用しない
1 : 1/2 適用する
2 : フルに適用する
;Eext: セルのz方向にかける外部電場（V/m）。上向きが正とする。(default = 0.0)
;Eext_type: 整数で指定され、1なら一様な外部電場（上向きが正）、2ならz座標の正負によって電場のかかる向きを変える。z座標が正なら正方向とする（上向き）。
;E_width: 周期的外部電場のtapering幅 (Å) を指定する。default = 0.0
;delta_Eext: 外部電場をどれだけ変化させるか決める値（V/m）。上向きが正とする。(default = 0.0)
;Eext_interval: 印加される外部電場を delta_Eext ずつ変化させる間隔(step)。(default = 1000000)
;dof: 系の自由度。defaultでは3*N-(拘束の総数)-3となるが、redundantな拘束をかけるときに設定する必要がある。
;LJ_correct: カットオフ範囲外のLJ相互作用によるポテンシャルを補正するかどうかのフラグ。(default = .false.)
;rdf_calc: RDFを計算するかどうかのフラグ。
;water_thickness: 水相の z 方向の厚み。WF 計算するときにのみ必要。 (default: 値なし) (追加の経緯は [https://docs.google.com/presentation/d/1gbcr0nO1P8BgP51YXa6S-_jdkiltU3Zj/edit#slide=id.p4 この資料]を参照。)
;cos_switch: SPCOORDの計算において角度 <math>\theta</math> の代わりに <math>\mathrm{cos}(\theta)</math> を使うかどうかのフラグ。SF-RATTLEで角度の拘束が特異点のとき .true. にする。
;set_wall:
;z_wall:
;nstep_wall:

== 出力関連のパラメータ ==
;output_energy_interval: エネルギー情報出力の間隔 (default: 50)
;output_traj_interval:トラジェクトリー出力の間隔 (default: 100)
;output_restart_interval: リスタートファイル出力の間隔 (default:1000)
;n_restart_file: 保存しておくリスタートファイルの数 (default: 2)
;max_monitor_number: モニター数 (default: 1)

== 並列計算関連のパラメータ ==
;omp_number: OpenMP 並列の並列数(default: 1)
;dir: MPI並列の各ノード専用の入出力ファイルを置く親ディレクトリ。(default= ”./”)
　この下にノード番号( 0000, 0001, ... ) のディレクトリが置かれる。

== デバッグ関連のパラメータ ==
;distance_update_message: .true. の場合、帳簿の更新時にメッセージを出力する。
;calculate_coulomb: .false. にするとクーロン相互作用の計算を行わない。
;calculate_recip: .false. にすると Ewald 法の逆空間の計算をスキップする。
;calculate_real: .false. にすると Ewald 法の実空間の計算をスキップする。
;calculate_mask:.false. にすると Ewald 法の self term & mask term の計算をスキップする。
;calculate_neut:.false. にすると Ewald 法の neutralization term の計算をスキップする。
;flag_forcetest:.true. にすると解析微分と数値微分で求めた力を比較する。GCMDのときの扱いは一般化した方が良い。

&FreeFlex - 版の履歴

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