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(チュートリアル05:拘束計算) - 版の履歴
2026-06-05T02:44:15Z
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Hirano: ページの作成:「 FreeFlex で拘束計算を行うにはネームリストファイルに、 === input.nml ===========================================================================…」
2026-05-26T02:35:40Z
<p>ページの作成:「 FreeFlex で拘束計算を行うにはネームリストファイルに、 === input.nml ===========================================================================…」</p>
<p><b>新規ページ</b></p><div> FreeFlex で拘束計算を行うにはネームリストファイルに、<br />
<br />
=== input.nml =================================================================================<br />
.<br />
.<br />
.<br />
&addCOM<br />
condition = "OW HW"<br />
/ <br />
<br />
&spcoord<br />
condition = "Z 877 878"<br />
/<br />
!!! Na+ の重心が 877。878 は水全体の重心。<br />
<br />
&addconstr<br />
condition = "SPCOORD 1 20.5d-10 1.0d-10 1.0d-10"<br />
/<br />
================================================================================================<br />
<br />
のように &addCOM, &spcoord, &addconstr を足してやればよい。 今回使用している系は、水-DCM-Na<sup>+</sup>の系（0節）であり、&addCOM により水全体のグループを追加、&spcoord により拘束するために使用する座標として 水-Na<sup>+</sup> 間のz方向の距離を指定、&constraintにより拘束距離を20 Åに設定している。 ネームリスト&addCOMの詳細は [[&addCOM]] 章、&spcoordの詳細は [[&spcoord]]章、&constraint2の詳細は [[&constraint]] 章 を見ること。 上記ネームリストファイルを用いてFreeFlexを実行すると、下記のようにイオンのz方向の位置が固定されたトラジェクトリを得ることができる。<br />
<br />
[[ファイル:Z-fixed_system1.jpg|center]]</div>
Hirano