http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?action=history&feed=atom&title=Constraint_struct 2026-05-26T14:06:09Z このウィキのこのページに関する変更履歴 MediaWiki 1.36.2 http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?title=Constraint_struct&diff=1121&oldid=prev 2026-05-26T04:18:28Z

<p>ページの作成:「== Background == Constraint2 は、分子内の内部座標やユーザー定義の一般化座標 (<a href="/mediawiki/index.php?title=Spcoord_struct&amp;action=edit&amp;redlink=1" class="new" title="Spcoord struct (存在しないページ)">spcoord_struct</a> を参照) に拘束をかける機能を与える…」</p> <p><b>新規ページ</b></p><div>== Background ==<br /> <br /> Constraint2 は、分子内の内部座標やユーザー定義の一般化座標 ([[spcoord_struct]] を参照) に拘束をかける機能を与える。座標の種類に対して汎用的な仕様となっており、FreeFlex の特徴の一つとなっている。（拘束でなくバイアスポテンシャルをかけるときには、[[biasmk4_system_struct]] を用いる。）<br /> 質量のないサイトに対する拘束や、特異点のある拘束条件に対する拘束アルゴリズム（SF-RATTLE）もサポートされている。<br /> <br /> 現在、次の2通りの拘束のキーワードをサポートしている。<br /> * DISTANCE --- 2つのサイトまたは重心間の距離。<br /> * SPCOORD --- 一般化座標。<br /> * FREEZE --- 座標を固定する。<br /> <br /> ※ DISTANCE以外の他の分子内座標（角度、二面角、wagging角）は今のところサポートしていない。<br /> <br /> 使用法については、[[チュートリアル05:拘束計算]] および [[拘束計算]] を参照のこと。</div>

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