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	<id>http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?action=history&amp;feed=atom&amp;title=Mkbias.exe</id>
	<title>Mkbias.exe - 版の履歴</title>
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	<updated>2026-05-28T02:16:26Z</updated>
	<subtitle>このウィキのこのページに関する変更履歴</subtitle>
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		<id>http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?title=Mkbias.exe&amp;diff=1065&amp;oldid=prev</id>
		<title>Hirano: ページの作成:「簡易なcsvファイルから&amp;biasdataファイルとbias番号を割り当てたcsvファイルを出力するプログラム。  使い方： ./mkbias.exe book.csv…」</title>
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		<updated>2026-05-26T02:40:37Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;ページの作成:「簡易なcsvファイルから&amp;amp;biasdataファイルとbias番号を割り当てたcsvファイルを出力するプログラム。  使い方： ./mkbias.exe book.csv…」&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;新規ページ&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;簡易なcsvファイルから&amp;amp;biasdataファイルとbias番号を割り当てたcsvファイルを出力するプログラム。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
使い方： ./mkbias.exe book.csv &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
inputファイルのフォーマットには決まりがあるので以下のサンプルを参考にすること。フォーマットを無視すると正しい出力が得られない。&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
また、座標の定義として、ｚを界面垂直方向、ｗを界面並行方向としている。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== inputファイル ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
一行目ではかけるバイアスのnamelistを入力する。詳細は下記の通りである。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
{| class=&amp;quot;wikitable&amp;quot;&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
! Name&lt;br /&gt;
! Description&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|Z-coord of com&lt;br /&gt;
|水重心のZ座標(単位:Å)&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|zbiasfunc,wbiasfunc&lt;br /&gt;
|z方向、w方向のbiasの種類。&amp;quot;PARABOLIC&amp;quot;と&amp;quot;PARABOLIC_WFN&amp;quot;のみに対応。&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|zslope,wslope&lt;br /&gt;
|z方向、w方向のbiasの傾き。小さいとより強く拘束される。（単位:ｍ）&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|existfree&lt;br /&gt;
|wについて非拘束の場合が存在するときはyes,なければnoを入力する。&lt;br /&gt;
|-&lt;br /&gt;
|threshold&lt;br /&gt;
|waterfinger判別の閾値。biasfuncに&amp;quot;PARABOLIC_WFN&amp;quot;を選択した際にのみ必要。（単位:ｍ）&lt;br /&gt;
|}&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
三行目からはバイアスの表となっており、バイアスが掛かる位置に&amp;quot;0&amp;quot;以外の数字を符号としてセットする。プログラム内で数字を置き換えたcsvファイルが出力される。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[ファイル:Book.txt]] 以下のフォーマットをダウンロードできる。拡張子を.csvに直すように。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[ファイル:Bookcsv.png]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== outputファイル ==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
biasdataファイル（defalut: input.nml）&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[ファイル:Biasdata.png]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
bias番号を割り当てたcsvファイル (defalut: rebook.csv) inputファイル名の先頭に&amp;quot;re&amp;quot;を付けた文字列がoutputファイル名になる。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[ファイル:Rebookcsv.png]]&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Hirano</name></author>
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