http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?action=history&feed=atom&title=Tools%2Fanalysis.exe 2026-05-26T18:33:08Z このウィキのこのページに関する変更履歴 MediaWiki 1.36.2 http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?title=Tools/analysis.exe&diff=1061&oldid=prev 2026-05-26T02:39:10Z

<p>ページの作成:「 monitor システムによって出力されたデータファイルを解析するためのプログラム。 平均値、分布関数、時間相関関数、自由エ…」</p> <p><b>新規ページ</b></p><div><br /> monitor システムによって出力されたデータファイルを解析するためのプログラム。 平均値、分布関数、時間相関関数、自由エネルギー等を統一的に扱う（予定）。 具体的にはネームリストで解析方法を指定し、それぞれの解析プログラムに分岐させることを想定している。 monitor システムはバージョンによって出力が変わることが予想されるが、バージョン情報を使用することによりできる限り対応する。<br /> <br /> == コマンドライン入力 ==<br /> ./analysis.exe nmlfile files…<br /> <br /> nmlfile: ネームリストファイル<br /> <br /> files: 解析されるファイル。ワイルドカードの使用も可。<br /> <br /> <br /> 解析されるファイルを複数個指定する場合、同じ形式である必要がある。これらのデータは別のサンプルとみなされて統計平均される。<br /> <br /> == Namelist ==<br /> ネームリストファイルでは、全体制御に関わる &amp;analysis と各解析用のネームリスト（methodで指定する名前と同じもの。）の２種類を指定する。<br /> <br /> === &amp;analysis ===<br /> skip: 初めに読み飛ばす行数（default:0）。<br /> <br /> interval:<br /> ここで指定された行数刻みでファイルを読み込む（default:1）。<br /> <br /> method:<br /> 解析手法の選択（必須）。各種解析用のネームリスト名と同名の文字列（大文字）を指定すること。<br /> <br /> === 各種ネームリストの説明 ===<br /> <br /> === &amp;average ===<br /> 平均値及び分散の計算に使用するネームリスト。<br /> <br /> ncolumn: 計算に使用する列の番号。<br /> <br /> === &amp;tcf ===<br /> 時間相関関数の計算に使用するネームリスト。<br /> <br /> Acolumn, Bcolumn: ここで指定した列の間の時間相関関数 &lt;A(t)B&gt; を計算する。<br /> <br /> maxdata: 相関を取る最大のデータ数<br /> <br /> file: 計算結果の出力先<br /> <br /> == プログラム構造 ==<br /> プログラム構造は、[[monitor system]] や [[spcoord system]] と同様に<br /> [[ファイル:8-5-analysis-struct.jpg|center|600px]]<br /> のようになっている。<br /> <br /> 新たに解析機能を追加する際には、抽象構造体 analysis_core_struct の拡張構造体として各解析プログラムを作成し、<br /> analysis_struct 中にポインタの分岐を記述する（ソース内の analysis_xxx_struct の部分を参照）。<br /> 拡張構造体 (analysis_xxx_struct) には、<br /> <br /> *subroutine init(unit,nfile,monitor_info): 初期設定、ネームリスト読み込み<br /> :unit: ネームリストの装置番号<br /> :nfile: データファイルの数<br /> :monitor_info(:): 各ファイルのモニターのネームリストの情報<br /> *character(len=80) function looptype(): ループのタイプを返す関数（後述）<br /> *subroutine read(unit,ifile): データの読み取り、計算処理<br /> :unit: データファイルの装置番号<br /> :ifile: データファイルの番号<br /> *subroutine next(): 次のファイル or ステップに移動する際の処理<br /> *subroutine write(): 最終処理、データの出力<br /> <br /> の5つのサブルーチンを用意する必要がある。<br /> <br /> looptype 関数は、複数個のファイルを読み込んで各行（データ）の統計処理をする場合の処理の順番を制御する。<br /> 2 つの値をとり、それぞれ<br /> <br /> [[ファイル:8-6-process.jpg|center]]<br /> <br /> のように処理される。一般に step_first の方がファイルの読み込みが速いため、特別の用途でない限り step_first を使う。<br /> <br /> == 備考 ==<br /> 　現在の analysis の仕様では、複数の解析手続きを一度に行うことはできない。そのような場合、入力のネームリストファイルを別々に用意して、analysis.exe の実行をそれぞれに行う。</div>

Hirano