http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?action=history&feed=atom&title=Tools%2Fgc_analyzer.exe 2026-05-26T18:33:07Z このウィキのこのページに関する変更履歴 MediaWiki 1.36.2 http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?title=Tools/gc_analyzer.exe&diff=1062&oldid=prev 2026-05-26T02:39:35Z

<p>ページの作成:「グランドカノニカルMDの出力データを解析し、ON-OFF間の密度分布と自由エネルギー面を求めるプログラム。 それぞれFreeFlex.exe…」</p> <p><b>新規ページ</b></p><div>グランドカノニカルMDの出力データを解析し、ON-OFF間の密度分布と自由エネルギー面を求めるプログラム。<br /> それぞれFreeFlex.exeのネームリスト&amp;gc_density, &amp;gc_freeで指定した出力ファイルを読み込む。<br /> 入力ファイルにネームリスト&amp;densityが含まれるとき密度分布を、<br /> ネームリスト&amp;freeが含まれるとき自由エネルギー面を計算する。両方同時に与えてもよい。<br /> <br /> プログラム引数omp_numberはOpenMP並列数を指定するためのオプション。型はinteger, 既定値は1。<br /> 表のネームリスト変数で既定値が空欄の項目は指定が必須。<br /> <br /> ~/FreeFlex/tools/gc_analyzer.exe input.nml [omp_number]<br /> <br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> |-<br /> ! 変数名<br /> ! 型<br /> ! 既定<br /> ! 説明<br /> |-<br /> !colspan=&quot;4&quot;|&amp;density<br /> |-<br /> |is_formatted<br /> |logical<br /> |.TRUE.<br /> |入力ファイルがformattedのとき.TRUE., unformatted（バイナリ）のとき.FALSE.。<br /> |-<br /> |inputfile<br /> |character<br /> |<br /> |入力ファイル名。任意数をスペース区切りで指定。<br /> |-<br /> |outputfile<br /> |character<br /> |<br /> |出力ファイル名。<br /> |-<br /> |max_nread<br /> |character<br /> |<br /> |各入力ファイルからの最大読み込みヒストグラム数。負の整数のときファイル末尾まで読み込む。inputfileと同数をスペース区切りで指定。<br /> |-<br /> |dir_list<br /> |character<br /> |<br /> |入力ファイル一式が置かれたディレクトリの相対パスのリスト。スペース区切りで指定。各ディレクトリのinputfileに対してnskip回の読み飛ばしとnread回の読み込みを実行し、読み込んだ全データを総合して1つの密度分布を生成する。<br /> |-<br /> |ndivide<br /> |character<br /> |&quot;4&quot;<br /> |標準誤差計算のためにサンプルを分割する数。スペース区切りで指定。複数指定の場合は各分割数による標準誤差を異なる列に出力。<br /> |-<br /> |nskip<br /> |integer<br /> |0<br /> |入力ファイルから読み飛ばすヒストグラムのブロック数。平衡化部分の除外が目的。inputfileの最初のファイルの先頭から数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み飛ばす。<br /> |-<br /> |nread<br /> |integer<br /> |<br /> |入力ファイルから読み込みヒストグラム数。読み飛ばしの直後のデータから数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み込む。<br /> |-<br /> |ntype<br /> |integer<br /> |1<br /> |溶質分子種の数。<br /> |-<br /> |nswitch<br /> |integer<br /> |1<br /> |仮想的な半透膜の数。1または2。<br /> |-<br /> |lbin<br /> |double precision<br /> |<br /> |ヒストグラムのビンの幅[m]。<br /> |-<br /> |zbox<br /> |double precision<br /> |<br /> |z軸方向のセル長[m]。<br /> |-<br /> |xbox<br /> |double precision<br /> |<br /> |x軸方向のセル長[m]。<br /> |-<br /> |ybox<br /> |double precision<br /> |<br /> |y軸方向のセル長[m]。<br /> |-<br /> !colspan=&quot;4&quot;|&amp;free<br /> |-<br /> |is_formatted<br /> |logical<br /> |.TRUE.<br /> |入力ファイルがformattedのとき.TRUE., unformatted（バイナリ）のとき.FALSE.。<br /> |-<br /> |inputfile<br /> |character<br /> |<br /> |入力ファイル名。任意数をスペース区切りで指定。<br /> |-<br /> |outputfile<br /> |character<br /> |<br /> |出力ファイル名。<br /> |-<br /> |max_nread<br /> |character<br /> |<br /> |各入力ファイルからの最大読み込みヒストグラム数。負の整数のときファイル末尾まで読み込む。inputfileと同数をスペース区切りで指定。<br /> |-<br /> |dir_list<br /> |character<br /> |<br /> |入力ファイル一式が置かれたディレクトリの相対パスのリスト。スペース区切りで指定。各ディレクトリのinputfileに対してnskip回の読み飛ばしとnread回の読み込みを実行し、読み込んだ全データを総合して1つの自由エネルギー面を生成する。<br /> |-<br /> |ndivide<br /> |character<br /> |&quot;4&quot;<br /> |標準誤差計算のためにサンプルを分割する数。スペース区切りで指定。複数指定の場合は各分割数による標準誤差を異なる列に出力。<br /> |-<br /> |nskip<br /> |integer<br /> |0<br /> |入力ファイルから読み飛ばすヒストグラムのブロック数。平衡化部分の除外が目的。inputfileの最初のファイルの先頭から数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み飛ばす。<br /> |-<br /> |nread<br /> |integer<br /> |<br /> |入力ファイルからの読み込みヒストグラム数。読み飛ばしの直後のデータから数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み込む。<br /> |-<br /> |ntype<br /> |integer<br /> |1<br /> |溶質分子種の数。<br /> |-<br /> |nswitch<br /> |integer<br /> |1<br /> |仮想的な半透膜の数。1または2。<br /> |-<br /> |lbin<br /> |double precision<br /> |<br /> |ヒストグラムのビンの幅[m]。<br /> |-<br /> |zbox<br /> |double precision<br /> |<br /> |z軸方向のセル長[m]。<br /> |}</div>

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