http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?action=history&feed=atom&title=Tools%2Ftapstep_fit.exe
Tools/tapstep fit.exe - 版の履歴
2026-05-26T18:33:07Z
このウィキのこのページに関する変更履歴
MediaWiki 1.36.2
http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?title=Tools/tapstep_fit.exe&diff=1063&oldid=prev
Hirano: ページの作成:「一次元自由エネルギー面をバイアスポテンシャルのタイプTAPERED_STEPでフィッティングするプログラム。 主にグランドカノニカ…」
2026-05-26T02:39:58Z
<p>ページの作成:「一次元自由エネルギー面をバイアスポテンシャルのタイプTAPERED_STEPでフィッティングするプログラム。 主にグランドカノニカ…」</p>
<p><b>新規ページ</b></p><div>一次元自由エネルギー面をバイアスポテンシャルのタイプTAPERED_STEPでフィッティングするプログラム。<br />
主にグランドカノニカルMDで使用することを想定。<br />
TAPERED_STEPの値が変化する範囲の中心と幅はユーザーがネームリストで指定し、<br />
高さのみ両端の自由エネルギー差でフィッティングする。<br />
<br />
表のネームリスト変数のうち既定値が空欄の項目は指定が必須である。<br />
<br />
~/FreeFlex/tools/tapstep_fit.exe input.nml<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 変数名<br />
! 型<br />
! 既定<br />
! 説明<br />
|-<br />
!colspan="4"|&tapstepfit<br />
|-<br />
|inputfile<br />
|character<br />
|<br />
|入力ファイル名。一次元自由エネルギー面の離散データ。<br />
|-<br />
|biasfile<br />
|character<br />
|<br />
|出力ファイル名。TAPERED_STEPを&biasdataセクションの形式で出力する。<br />
|-<br />
|plotfile<br />
|character<br />
|<br />
|出力ファイル名。TAPERED_STEPを離散座標上にプロットしたもの。<br />
|-<br />
|restfile<br />
|character<br />
|<br />
|出力ファイル名。自由エネルギー面からTAPERED_STEPを引いた残差を離散座標上にプロットしたもの。<br />
|-<br />
|center<br />
|double precision<br />
|0.0d0<br />
|TAPERED_STEPのパラメータ。バイアスが変化する範囲の中心[m]。<br />
|-<br />
|delta<br />
|double precision<br />
|3.0d-10<br />
|TAPERED_STEPのパラメータ。バイアスが変化する範囲の幅の半分[m]。<br />
|}</div>
Hirano