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Tools/therm int.exe - 版の履歴
2026-05-27T10:17:07Z
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Hirano: ページの作成:「分子の一般化座標を拘束したMPI並列計算による平均力サンプリングの出力ファイルを読み込み、 1次元自由エネルギー面を計算…」
2026-05-26T02:40:15Z
<p>ページの作成:「分子の一般化座標を拘束したMPI並列計算による平均力サンプリングの出力ファイルを読み込み、 1次元自由エネルギー面を計算…」</p>
<p><b>新規ページ</b></p><div>分子の一般化座標を拘束したMPI並列計算による平均力サンプリングの出力ファイルを読み込み、<br />
1次元自由エネルギー面を計算するプログラム。<br />
主にグランドカノニカルMDで使用することを想定。<br />
平均力サンプリングはmonitor SPCOORD_Fによるものとする。<br />
2次元以上はサポートされない。<br />
<br />
表のネームリスト変数で既定値が空欄の項目は指定が必須である。<br />
<br />
~/FreeFlex/tools/therm_int.exe input.nml<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
|-<br />
! 変数名<br />
! 型<br />
! 既定<br />
! 説明<br />
|-<br />
!colspan="4"|&thermint<br />
|-<br />
|inputfile<br />
|character<br />
|<br />
|入力ファイル名。monitor SPCOORD_Fの出力データ。任意数をスペース区切りで指定。<br />
|-<br />
|outputfile<br />
|character<br />
|<br />
|出力ファイル名。<br />
|-<br />
|nskip<br />
|character<br />
|<br />
|各入力ファイルからの読み飛ばし行数。タグ行なども含む。inputfileと同数をスペース区切りで指定。<br />
|-<br />
|nread<br />
|character<br />
|<br />
|各入力ファイルからの読み込み行数。読み飛ばし直後からカウント。inputfileと同数をスペース区切りで指定。<br />
|-<br />
|mpi_number<br />
|integer<br />
|<br />
|MPI並列数。inputfile一式が置かれたディレクトリ0000, 0001, ...の数。<br />
|-<br />
|start<br />
|double precision<br />
|<br />
|溶質分子の1点目の拘束位置[m]。ディレクトリ0000に対応。<br />
|-<br />
|interval<br />
|double precision<br />
|<br />
|溶質分子の拘束位置の刻み幅[m]。<br />
|}</div>
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