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: ダウンロード出来たら<span style="font-size: 100%; color:red;>LSRページ</span> | : ダウンロード出来たら<span style="font-size: 100%; color:red;>LSRページ</span>に行き、後は入力を与えるだけだ。 | ||
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2021年11月7日 (日) 17:17時点における版
概要例
本FreeFlexは、主に液体および界面系のさまざまな自由エネルギー計算に柔軟に対応できるMDプログラムとして開発された。液体界面でのwater finger座標によって初めてwater finger形成・切断の自由エネルギー障壁が明らかにされたように、既存の方法を超えた新たな座標が求められる場合も多い。FreeFlexは、一般化座標の設定が容易で汎用性が高く、それに対する拘束条件やバイアス・ポテンシャルを課したり、その座標上の自由エネルギー計算を実行しやすいように設計された。
現在のFreeFlexは、自由エネルギー計算手法として、
- 自由エネルギー摂動法 (overlapping distribution法)
- アンブレラサンプリング法
- レプリカ交換アンブレラサンプリング法
の3通りをサポートしている。分子モデルは、点電荷および点双極子の分極モデルをサポートする。MD計算のチューニングについても多くの工夫がなされている。
FreeFlexは、吉川信明君が自らの研究のために作成していたMDプログラムを母体として、2014年度より汎用化を目指した開発が始められた。吉川君、王聆鉴君および森田が開発に加わり、液液界面に関わる吉川、聆鉴君それぞれの研究に必要なMDプログラムを包括する形で開発された。2015年より杉林君、2016年より田原君、2017年より平野君、内藤君、小泉さん、2018年より伊藤君が開発チームに加わって、液液界面での電子移動反応やfaciliated ion transfer、グランドカノニカルMDの研究へと進んでいる。また信田君によってparticle mesh Ewald法やOpenMP並列化が実装され、従来より格段に高速化した。
チュートリアル 例
- チュートリアル01:水-DCM 界面のシミュレーション
- FreeFlex の基本的な使用方法のチュートリアルとして、コンパイル、系の作成、MD の実行といった一連の流れを説明する。
- また、計算結果を確認するために show_energy.exe を用いてエネルギーの時間変化をグラフとして表示する。
概要
本ComplexRIは全反射実験から得られた反射率あるいは吸光度のデータをもとにして媒質の複素屈折率の分散を出力するWebアプリケーションである。 より簡単に複素屈折率の分散を計算ができるように 実験の条件、 実験の結果、 ファイル形式 という三つの情報を入力として与えるだけで、その解析が行えるように作成された。
チュートリアル
目次 |
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チュートリアル01:複素屈折率の分散を解析してみよう。 |
チュートリアル02 |
チュートリアル03 |
チュートリアル04 |
- FreeFlex の基本的な使用方法のチュートリアルとして、コンパイル、系の作成、MD の実行といった一連の流れを説明する。
- また、計算結果を確認するために show_energy.exe を用いてエネルギーの時間変化をグラフとして表示する。
- ComplexRIでは基本的に以下の三つを入力として与える必要がある。
- 一つ目は実験の条件、
- 二つ目は実験の結果、
- 三つ目は実験の条件である。
- これ以降でもチュートリアル内ではチュートリアル用のファイルを与えるのでこれらを実験結果だと思って、解析結果を出力してみてほしい。
- ファイルはComplexRIのMANUALページのFile Listからダウンロードできる。
- 今回はチュートリアル01なのでDownload the File fot Tutorial01のボタンを押してダウンロードしてこれを使用してほしい。
- ダウンロード出来たらLSRページに行き、後は入力を与えるだけだ。
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内部処理の説明など
目次 |
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説明01:フィッティング方法 |
説明02 |
説明03 |
説明04 |
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