ComplexRI

概要 チュートリアル

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概要

　本FreeFlexは、主に液体および界面系のさまざまな自由エネルギー計算に柔軟に対応できるMDプログラムとして開発された。液体界面でのwater finger座標によって初めてwater finger形成・切断の自由エネルギー障壁が明らかにされたように、既存の方法を超えた新たな座標が求められる場合も多い。FreeFlexは、一般化座標の設定が容易で汎用性が高く、それに対する拘束条件やバイアス・ポテンシャルを課したり、その座標上の自由エネルギー計算を実行しやすいように設計された。

　現在のFreeFlexは、自由エネルギー計算手法として、

• 自由エネルギー摂動法 (overlapping distribution法)
• アンブレラサンプリング法
• レプリカ交換アンブレラサンプリング法

の3通りをサポートしている。分子モデルは、点電荷および点双極子の分極モデルをサポートする。MD計算のチューニングについても多くの工夫がなされている。

　FreeFlexは、吉川信明君が自らの研究のために作成していたMDプログラムを母体として、2014年度より汎用化を目指した開発が始められた。吉川君、王聆鉴君および森田が開発に加わり、液液界面に関わる吉川、聆鉴君それぞれの研究に必要なMDプログラムを包括する形で開発された。2015年より杉林君、2016年より田原君、2017年より平野君、内藤君、小泉さん、2018年より伊藤君が開発チームに加わって、液液界面での電子移動反応やfaciliated ion transfer、グランドカノニカルMDの研究へと進んでいる。また信田君によってparticle mesh Ewald法やOpenMP並列化が実装され、従来より格段に高速化した。

チュートリアル目次

チュートリアル01：分散を計算してみよう。

チュートリアル01：分散を計算してみよう。

チュートリアル01：分散を計算してみよう。

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チュートリアル01：水-DCM 界面のシミュレーション

FreeFlex の基本的な使用方法のチュートリアルとして、コンパイル、系の作成、MD の実行といった一連の流れを説明する。

また、計算結果を確認するために show_energy.exe を用いてエネルギーの時間変化をグラフとして表示する。

チュートリアル01：分散を計算してみよう。

FreeFlex の基本的な使用方法のチュートリアルとして、コンパイル、系の作成、MD の実行といった一連の流れを説明する。

また、計算結果を確認するために show_energy.exe を用いてエネルギーの時間変化をグラフとして表示する。

チュートリアル02：並列実行

FreeFlex.exe の並列実行についてのチュートリアル。