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== チュートリアル解説 ==
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*[[#チュートリアル02]]
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*[[#チュートリアル03]]
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*[[#チュートリアル04]]
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==内部処理の説明など==
==内部処理の説明など==


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! 目次
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|[[#説明01]]:フィッティング方法
|-
|[[#説明02]]
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|[[#説明03]]
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|[[#説明04]]
|}
<div id="説明01" style="font-size: 120%; color:Lime;>チュートリアル04の解説</div>
<div id="説明02" style="font-size: 120%; color:yellow;>チュートリアル04の解説</div>
<div id="説明03" style="font-size: 120%; color:orange;>チュートリアル04の解説</div>
<div id="解説04" style="font-size: 120%; color:purple;>チュートリアル04の解説</div>


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2021年11月4日 (木) 22:07時点における版


概要例

 本FreeFlexは、主に液体および界面系のさまざまな自由エネルギー計算に柔軟に対応できるMDプログラムとして開発された。液体界面でのwater finger座標によって初めてwater finger形成・切断の自由エネルギー障壁が明らかにされたように、既存の方法を超えた新たな座標が求められる場合も多い。FreeFlexは、一般化座標の設定が容易で汎用性が高く、それに対する拘束条件やバイアス・ポテンシャルを課したり、その座標上の自由エネルギー計算を実行しやすいように設計された。

 現在のFreeFlexは、自由エネルギー計算手法として、

  • 自由エネルギー摂動法 (overlapping distribution法)
  • アンブレラサンプリング法
  • レプリカ交換アンブレラサンプリング法

の3通りをサポートしている。分子モデルは、点電荷および点双極子の分極モデルをサポートする。MD計算のチューニングについても多くの工夫がなされている。


 FreeFlexは、吉川信明君が自らの研究のために作成していたMDプログラムを母体として、2014年度より汎用化を目指した開発が始められた。吉川君、王聆鉴君および森田が開発に加わり、液液界面に関わる吉川、聆鉴君それぞれの研究に必要なMDプログラムを包括する形で開発された。2015年より杉林君、2016年より田原君、2017年より平野君、内藤君、小泉さん、2018年より伊藤君が開発チームに加わって、液液界面での電子移動反応やfaciliated ion transfer、グランドカノニカルMDの研究へと進んでいる。また信田君によってparticle mesh Ewald法やOpenMP並列化が実装され、従来より格段に高速化した。

チュートリアル 例

チュートリアル01:水-DCM 界面のシミュレーション
FreeFlex の基本的な使用方法のチュートリアルとして、コンパイル、系の作成、MD の実行といった一連の流れを説明する。
また、計算結果を確認するために show_energy.exe を用いてエネルギーの時間変化をグラフとして表示する。

概要

チュートリアル

目次
#チュートリアル01:分散を計算してみよう。
#チュートリアル02
#チュートリアル03
#チュートリアル04
チュートリアル01:分散を計算してみよう。
チュートリアル01の解説
チュートリアル02:水-DCM 界面のシミュレーション
チュートリアル02の解説
チュートリアル03:水-DCM 界面のシミュレーション
チュートリアル03の解説
チュートリアル04:水-DCM 界面のシミュレーション
チュートリアル04の解説


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内部処理の説明など

目次
#説明01:フィッティング方法
#説明02
#説明03
#説明04
チュートリアル04の解説
チュートリアル04の解説
チュートリアル04の解説
チュートリアル04の解説

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