Tools/tapstep fit.exe

一次元自由エネルギー面をバイアスポテンシャルのタイプTAPERED_STEPでフィッティングするプログラム。 主にグランドカノニカルMDで使用することを想定。 TAPERED_STEPの値が変化する範囲の中心と幅はユーザーがネームリストで指定し、 高さのみ両端の自由エネルギー差でフィッティングする。

表のネームリスト変数のうち既定値が空欄の項目は指定が必須である。

~/FreeFlex/tools/tapstep_fit.exe input.nml

変数名	型	既定	説明
&tapstepfit
inputfile	character		入力ファイル名。一次元自由エネルギー面の離散データ。
biasfile	character		出力ファイル名。TAPERED_STEPを&biasdataセクションの形式で出力する。
plotfile	character		出力ファイル名。TAPERED_STEPを離散座標上にプロットしたもの。
restfile	character		出力ファイル名。自由エネルギー面からTAPERED_STEPを引いた残差を離散座標上にプロットしたもの。
center	double precision	0.0d0	TAPERED_STEPのパラメータ。バイアスが変化する範囲の中心[m]。
delta	double precision	3.0d-10	TAPERED_STEPのパラメータ。バイアスが変化する範囲の幅の半分[m]。