&spcoord
ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。
- condition
- 条件設定の文字列。“keyword options” の形からなる。現在、キーワードには、以下にあるように“X”、“Y”、“Z”、“WATFING”、“R”、“DE” などが用意されている。詳細および新たな拡張については、４ 章を参照。
- 使用できるキーワードと対応するオプションの一覧
Keyword Options
- “X nCOM1 nCOM2”
重心番号nCOM1とnCOM2の間のx方向の距離。
- “Y nCOM1 nCOM2”
重心番号nCOM1とnCOM2の間のy方向の距離。
- “Z nCOM1 nCOM2”
重心番号nCOM1とnCOM2の間のz方向の距離（nCOM1：イオン，nCOM2：水重心）。
- “Z_POSITIVE nCOM1 nCOM2”
正の値のみをとる Z。Z が nCOM2 に対する nCOM1 の最近接のクローンとの z 方向の距離を計算するのに対して、 これは nCOM2 の z の正方向に対する nCOM1 の最近接のクローンとの z 方向の距離を計算する。
- “VEC_XYZ nCOM1 nCOM2”
重心番号nCOM1とnCOM2の間のx方向、y方向、z方向の距離をベクトルとしてまとめたもの。多次元 spcoord のテスト用。
- “R nCOM1 nCOM2”
重心番号nCOM1とnCOM2の距離。
- “WATFING nCOM1 nCOM2 wcorr”
water finger を射影した座標。
nCOM1: 水分子全体の重心番号
nCOM2: 油相分子の位置
wcorr: 水と油相中イオンとのサイズ差を補正するパラメータ（単位：m)。
wcorrは，水素結合したイオン‐水距離が水‐水より近いとき、その差を正とおく。したがって，ナトリウムイオンなどの小さい粒子では正，塩化物イオンやテトラアルキルアンモニウムイオンなどの大きい粒子では負となる。
- “WATFING_N nCOM1 nCOM2 wcorr active_N”
水和数を指定した際の water finger を射影した座標。2次元 spcoord であり、1次元目は通常の water finger 座標 ()、2次元目は水和数 active_N のクラスターを形成するとみなしたときの water finger 座標 () 。
nCOM1, nCOM2, wcorr: WATFINGと同一。
active_N: 指定する水和数
- “DE donor acceptor”
電子移動前と電子移動後のエネルギー差。
donor: 電子を渡す(電荷が+1される)サイトの番号
acceptor: 電子を受け取る(電荷が-1される)サイトの番号
＊距離は(nCOM1-nCOM2)で与えられる。
- “DE2 input.nml”
電子移動前と電子移動後のエネルギー差(DEのall-atom版)。 input.nml: dE2関連のパラメータに関するインプットファイル名 ＊ネームリスト&dE_dimおよび&dE_param参照
- “GC_Z”
- “GC_Z_DQDX_CONST”
- “ANGLE_COM site1 site2 site3”
サイト番号1, 2, 3 がなす∠123。（単位はラジアンで指定）
(以下実装予定)
- “DIHEDRAL_COM nCOM1 nCOM2”
- “OUTOFPLANE_COM nCOM1 nCOM2”