&FEP および tools/FEPBIAS.exe中の&INPUT

　自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装は チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 を参照。

必須の変数

FEP_mode

FEP計算を行うかどうかのフラグ。default=.false.　これを .true. にするとFEP計算を実行する。

FEP_lambda

中間状態と両端のスケーリング係数λの一式。mpi並列数と等しい個数の係数を指定する。

一般的には以下のように書ける。(mpi 並列が k 個の場合)

FEP_lambda = '$\lambda _{1}$ $\lambda _{2}$ $\lambda _{3}$ $\cdots$ $\lambda _{k-1}$ $\lambda _{k}$ '

実際には、左端が 1 で どんどん小さくなり、右端が 0 になるように指定することが多い。

以下に例を示す。(mpi 並列が 8 個の場合)

FEP_lambda = "1.d0 0.666d0 0.333d0 0.1d0 0.01d0 0.001d0 0.0001d0 0.0d0"

FEP_list_A

相互作用をスケールするサイトのリスト。

msファイルの&systemのSITE_DATA の index の値を指定する。

電荷、分極率、誘起双極子、LJ パラメータが以下のようにスケールされる。

$q=\lambda q_{0}$, $\alpha =\lambda \alpha _{0}$, $\mu =\lambda \mu _{0}$, $\epsilon =\lambda \epsilon _{0}$

ここで、 $\lambda$ は FEP_lambda で指定した $\lambda$ を左端にあるものから順に

mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられる。

FEP_lambda が例で示したように与えられている場合には、ここで指定されたサイトのリストは

初期状態($\lambda _{1}=1$)で存在し、終状態($\lambda _{8}=0$)で消滅する。

FEP_list_B

FEP_list_A と概ね同様である。

ただし、 $\lambda$ は 必須の変数：FEP_lambda で指定した $\lambda$ を右端にあるものから順に

mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられている点だけが異なる。

FPE_lambda が例で示したように与えられている場合には、ここで指定されたサイトのリストは

初期状態($\lambda _{8}=0$)で存在せず、終状態($\lambda _{1}=1$)で完全に存在する。

FEP_output_file

FEP出力ファイルの名前。下のFEP0_output_file とセットで、下の FEPSHOW.exe で解析される。

FEP0_output_file

FEP出力ファイルの名前。

オプショナル変数

equil

摂動計算を行わず、各中間状態に対して平衡化のみを行う。default=.false.

FEP_bias_A

ネームリスト &biasdata のうち上から <指定した数値>番目のブロックが以下のようにスケールされる。

$U_{bias}(\lambda )=(1-\lambda )U_{bias}$

ここで、 $\lambda$ は 必須の変数：FEP_lambda で指定した $\lambda$ を左端にあるものから順に

mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられる。

FEP_bias_B

FEP_bias_A と概ね同様である。:

ただし、 $\lambda$ は 必須の変数：FEP_lambda で指定した $\lambda$ を右端にあるものから順に

mpirank が小さい系に１つずつ割り当てられている点だけが異なる。