（旧）各種ドキュメントの説明

各種ドキュメントの説明

analysis.docx

anlysis.exe に関する説明。

bias.nb

電場を制御したMDで使用するバイアス関数を考察するために使用したMathematica ファイル。

biasmk2.docx

biasmk2 に関する説明。

biasmk3.docx

biasmk3 に関する説明。

biasmk4.docx

biasmk4に関する説明。

cduim2.docx

逆行列による拘束計算について記載。FreeFlexでは採用していない。

coding.docx

コーディングルールに関する説明。

common.docx

common_module に関する説明。

constraint.docx

constraint2_struct に関する説明。coord.docx: coord_struct の説明。

dihedral.docx

二面角の微分について記載。二面角計算はdihedral.Fで作成しているがまだFreeFlexには実装していない。

document.docx

各種ドキュメントをまとめたもの。森田先生が管理。

electric_field.docx

電場を制御したMD計算に関する説明。今後開発予定。

FEP.docx

FEP 計算に関する説明。

fft.docx

拘束フーリエ変換用の構造体 fft_struct に関する説明。

FreeFlexDesign.docx

開発初期段階での構想メモおよび自由エネルギー摂動などの設計方針メモ。

git.docx

git の使い方について記載。

guideline2014.docx

2014年度に行ったFreeFlex開発のガイドライン。

hmc.pdf

hybrid Monte Carlo 法の説明。

Langevin.docx

water finger 座標におけるLangevin方程式についての考察。

Lanvegin2.docx

曲線座標系でのLangevin方程式についてのメモ。

lincs.docx

LINCS法による拘束についての説明。FreeFlexでは採用していない。

monitor.docx

FreeFlex中の変数出力monitorシステムの説明。

multiple_cutoff.docx

複数のcutoff を用いた高速化についての考察。FreeFlexでは採用していない。

pol.docx

誘起双極子の逆空間 ＆ マスク項 に関する実験結果。

polarize.docx

分極計算の手順と誘起双極子のカットオフについて記載。 分極計算の手順は旧式のものでFreeFlexのものとは異なる。

polarize_a.docx

分極計算についての説明、手順、距離のカットオフに用いるスイッチング関数についての説明が記載されている。また、PME計算に変更する場合の留意点についても記載している。

program_manual.docx

初期のmsファイル等の説明が記載されている。 現在は更新しておらず、 tutorial.docxの方に記載してある。

pseudo_inverse_matrix.docx

擬似逆行列についてのメモ。rate.docx: k^diff についての説明。 MD計算とは直接関係ないが資料としてあげておく。

replica_exhange.docx

レプリカ交換法のMPI通信について簡単にまとめたもの。

respa.docx

RESPA法による分子内、分子間（実空間）、分子間（逆空間）の三分割した場合の時間発展、Ewald及び帳簿更新の最適化に関する説明。帳簿の最適化を除きFreeFlexでは採用していない。

rinv_mod.docx

スイッチング関数についての説明。

spcoord_memo.docx, spcoord_code.pdf

spcoord構造体の拡張とポインタについてのメモ。

switch.nb

スイッチング関数のパラメータの計算に使ったMathematica のファイル。

tutorial.docx

チュートリアルの各種実行例、及び、ネームリストの説明を記載。

wham.pdf

WHAM計算、及び、鏡像電荷によるwater finger切断後の自由エネルギー上昇の説明。