(チュートリアル05:拘束計算)

　FreeFlex で拘束計算を行うにはネームリストファイルに、

=== input.nml =================================================================================
  .
  .
  .
&addCOM
  condition = "OW HW"
/ 

&spcoord
  condition = "Z 877 878"
/
!!! Na+ の重心が 877。878 は水全体の重心。

&addconstr
 condition = "SPCOORD 1 20.5d-10 1.0d-10 1.0d-10"
/
================================================================================================

のように &addCOM, &spcoord, &addconstr を足してやればよい。 今回使用している系は、水-DCM-Na⁺の系（0節）であり、&addCOM により水全体のグループを追加、&spcoord により拘束するために使用する座標として 水-Na⁺ 間のz方向の距離を指定、&constraintにより拘束距離を20 Åに設定している。 ネームリスト&addCOMの詳細は &addCOM 章、&spcoordの詳細は &spcoord章、&constraint2の詳細は &constraint 章 を見ること。 上記ネームリストファイルを用いてFreeFlexを実行すると、下記のようにイオンのz方向の位置が固定されたトラジェクトリを得ることができる。

ファイル:Z-fixed system1.jpg