Constraint struct
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Background
Constraint2 は、分子内の内部座標やユーザー定義の一般化座標 (spcoord_struct を参照) に拘束をかける機能を与える。座標の種類に対して汎用的な仕様となっており、FreeFlex の特徴の一つとなっている。（拘束でなくバイアスポテンシャルをかけるときには、biasmk4_system_struct を用いる。） 質量のないサイトに対する拘束や、特異点のある拘束条件に対する拘束アルゴリズム（SF-RATTLE）もサポートされている。
現在、次の2通りの拘束のキーワードをサポートしている。
- DISTANCE --- 2つのサイトまたは重心間の距離。
- SPCOORD --- 一般化座標。
- FREEZE --- 座標を固定する。
※ DISTANCE以外の他の分子内座標（角度、二面角、wagging角）は今のところサポートしていない。
使用法については、チュートリアル05:拘束計算 および 拘束計算 を参照のこと。