Mkbias.exe

簡易なcsvファイルから&biasdataファイルとbias番号を割り当てたcsvファイルを出力するプログラム。

使い方： ./mkbias.exe book.csv

inputファイルのフォーマットには決まりがあるので以下のサンプルを参考にすること。フォーマットを無視すると正しい出力が得られない。
また、座標の定義として、ｚを界面垂直方向、ｗを界面並行方向としている。

inputファイル

一行目ではかけるバイアスのnamelistを入力する。詳細は下記の通りである。

Name	Description
Z-coord of com	水重心のZ座標(単位:Å)
zbiasfunc,wbiasfunc	z方向、w方向のbiasの種類。"PARABOLIC"と"PARABOLIC_WFN"のみに対応。
zslope,wslope	z方向、w方向のbiasの傾き。小さいとより強く拘束される。（単位:ｍ）
existfree	wについて非拘束の場合が存在するときはyes,なければnoを入力する。
threshold	waterfinger判別の閾値。biasfuncに"PARABOLIC_WFN"を選択した際にのみ必要。（単位:ｍ）

三行目からはバイアスの表となっており、バイアスが掛かる位置に"0"以外の数字を符号としてセットする。プログラム内で数字を置き換えたcsvファイルが出力される。

ファイル:Book.txt 以下のフォーマットをダウンロードできる。拡張子を.csvに直すように。

biasdataファイル（defalut: input.nml）

bias番号を割り当てたcsvファイル (defalut: rebook.csv) inputファイル名の先頭に"re"を付けた文字列がoutputファイル名になる。