Old/unlap.exe

msファイルの分子の重なりを除去するプログラム。 初期構造の緩和に用いる。 同じグループでないサイト間の距離を一定距離以上引き離す操作を行う。FreeFlexの前身のプログラムで作ったなんちゃってセルインデックス法を使用しており、old/ ディレクトリ中に残してある。 また、パラメータのいくつかが直打ちになっており要改善と考えている。msファイル ver0.3 以上には対応していない。

使い方: ./unlap.exe input.ms output.ms