Tools/gc analyzer.exe

グランドカノニカルMDの出力データを解析し、ON-OFF間の密度分布と自由エネルギー面を求めるプログラム。 それぞれFreeFlex.exeのネームリスト&gc_density, &gc_freeで指定した出力ファイルを読み込む。 入力ファイルにネームリスト&densityが含まれるとき密度分布を、 ネームリスト&freeが含まれるとき自由エネルギー面を計算する。両方同時に与えてもよい。

プログラム引数omp_numberはOpenMP並列数を指定するためのオプション。型はinteger, 既定値は1。 表のネームリスト変数で既定値が空欄の項目は指定が必須。

~/FreeFlex/tools/gc_analyzer.exe input.nml [omp_number]

変数名	型	既定	説明
&density
is_formatted	logical	.TRUE.	入力ファイルがformattedのとき.TRUE., unformatted（バイナリ）のとき.FALSE.。
inputfile	character		入力ファイル名。任意数をスペース区切りで指定。
outputfile	character		出力ファイル名。
max_nread	character		各入力ファイルからの最大読み込みヒストグラム数。負の整数のときファイル末尾まで読み込む。inputfileと同数をスペース区切りで指定。
dir_list	character		入力ファイル一式が置かれたディレクトリの相対パスのリスト。スペース区切りで指定。各ディレクトリのinputfileに対してnskip回の読み飛ばしとnread回の読み込みを実行し、読み込んだ全データを総合して1つの密度分布を生成する。
ndivide	character	"4"	標準誤差計算のためにサンプルを分割する数。スペース区切りで指定。複数指定の場合は各分割数による標準誤差を異なる列に出力。
nskip	integer	0	入力ファイルから読み飛ばすヒストグラムのブロック数。平衡化部分の除外が目的。inputfileの最初のファイルの先頭から数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み飛ばす。
nread	integer		入力ファイルから読み込みヒストグラム数。読み飛ばしの直後のデータから数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み込む。
ntype	integer	1	溶質分子種の数。
nswitch	integer	1	仮想的な半透膜の数。1または2。
lbin	double precision		ヒストグラムのビンの幅[m]。
zbox	double precision		z軸方向のセル長[m]。
xbox	double precision		x軸方向のセル長[m]。
ybox	double precision		y軸方向のセル長[m]。
&free
is_formatted	logical	.TRUE.	入力ファイルがformattedのとき.TRUE., unformatted（バイナリ）のとき.FALSE.。
inputfile	character		入力ファイル名。任意数をスペース区切りで指定。
outputfile	character		出力ファイル名。
max_nread	character		各入力ファイルからの最大読み込みヒストグラム数。負の整数のときファイル末尾まで読み込む。inputfileと同数をスペース区切りで指定。
dir_list	character		入力ファイル一式が置かれたディレクトリの相対パスのリスト。スペース区切りで指定。各ディレクトリのinputfileに対してnskip回の読み飛ばしとnread回の読み込みを実行し、読み込んだ全データを総合して1つの自由エネルギー面を生成する。
ndivide	character	"4"	標準誤差計算のためにサンプルを分割する数。スペース区切りで指定。複数指定の場合は各分割数による標準誤差を異なる列に出力。
nskip	integer	0	入力ファイルから読み飛ばすヒストグラムのブロック数。平衡化部分の除外が目的。inputfileの最初のファイルの先頭から数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み飛ばす。
nread	integer		入力ファイルからの読み込みヒストグラム数。読み飛ばしの直後のデータから数え、max_nreadに達した場合は次のファイルの先頭から続きを読み込む。
ntype	integer	1	溶質分子種の数。
nswitch	integer	1	仮想的な半透膜の数。1または2。
lbin	double precision		ヒストグラムのビンの幅[m]。
zbox	double precision		z軸方向のセル長[m]。