Tools/therm int.exe

分子の一般化座標を拘束したMPI並列計算による平均力サンプリングの出力ファイルを読み込み、 1次元自由エネルギー面を計算するプログラム。 主にグランドカノニカルMDで使用することを想定。 平均力サンプリングはmonitor SPCOORD_Fによるものとする。 2次元以上はサポートされない。

表のネームリスト変数で既定値が空欄の項目は指定が必須である。

~/FreeFlex/tools/therm_int.exe input.nml

変数名	型	既定	説明
&thermint
inputfile	character		入力ファイル名。monitor SPCOORD_Fの出力データ。任意数をスペース区切りで指定。
outputfile	character		出力ファイル名。
nskip	character		各入力ファイルからの読み飛ばし行数。タグ行なども含む。inputfileと同数をスペース区切りで指定。
nread	character		各入力ファイルからの読み込み行数。読み飛ばし直後からカウント。inputfileと同数をスペース区切りで指定。
mpi_number	integer		MPI並列数。inputfile一式が置かれたディレクトリ0000, 0001, ...の数。
start	double precision		溶質分子の1点目の拘束位置[m]。ディレクトリ0000に対応。
interval	double precision		溶質分子の拘束位置の刻み幅[m]。