「Jp/ComplexRI」の版間の差分

提供: ComplexRI: Manual
ナビゲーションに移動 検索に移動
 
(2人の利用者による、間の15版が非表示)
1行目: 1行目:
__NOTOC__


<span style="font-size: 100%; color:red;">※chromeでこのページを閲覧することを推奨しています。 </span>
==マニュアル==


{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! Index
! 入力
|-
|-
|[[#概要|概要]]
|[[入力#Information of ATR-IR experiment|Information of ATR-IR experiment]]
|-
|-
|[[#作成の沿革|作成の沿革]]
|[[入力#Control parameters of ComplexRI fitting|Control parameters of ComplexRI fitting]]
|-
|[[#チュートリアル|チュートリアル]]
|-
|[[#マニュアル|マニュアル]]
|-
|[[#理論|理論]]
|-
|[[#よくある質問|よくある質問]]
|}
|}


== 概要 ==
複素屈折率は光と物質の相互作用に関する研究と分光分析において基本的な性質です。特に、和周波発生振動分光に関する研究においては、和周波スペクトルの解析にとって、典型的な3層界面モデルにおけるフレネル係数の詳細な情報が必要になります。和周波発生スペクトルにおけるフレネル係数の分散は液体中の複素屈折率に起因します。先行研究<ref name = "ref1" />では、フレネル係数の分散ががとても重要であり、和周波発生スペクトルの解析結果を大きく変える可能性があることを示しました。しかしながら、和周波発生の研究においてよく使われる液体のほとんどは、なぜか赤外領域における複素屈折率が明らかにされていません。そこで、私たちは、ATR-IRスペクトルのデータを使えば、どんな液体についても複素屈折率を得ることができるソフトウェアとしてComplexRIを開発しました。ComplexRIの出力は赤外領域での複素屈折率です。ユーザーは異なる官能基に対する振動モードに対して、解析対象の振動数領域を指定することができます。
==作成の沿革==
The development was done in the lab of computational molecular science at Tohoku University.
The main code was first developed by Wang in 2019 when he investigated the dispersion of Fresnel factor in electrode/electrolyte interfaces. <ref name = "ref1" /> In 2020, Murata further extended the code and generated a complex refractive index database with about 20 commonly used liquids in SFG studies. <ref name = "ref2" /> Wang used the database and discussed the general influence of dispersion of Fresnel factor in the SFG spectra analysis. <ref name = "ref3" />. In 2021, the program code was summarized and opened to the website by Kamimura under the supervise of Wang and Morita. The automatic fitting procedure is updated. Kamimura and Wang also created the MediaWiki マニュアル page for ComplexRI.
Many thanks to the experimental collaborators during the development.
: Dr. Satoshi Nihonyanagi (RIKEN), Dr. Ken-ichi Inoue (Tohoku Univ.), Prof. Shen Ye (Tohoku Univ.), Dr. Tahei Tahara  (RIKEN).
== チュートリアル ==
{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! ComplexRIの使用例
! 出力
|-
|-
|[[チュートリアル01|チュートリアル01]]： Automatic Mode
|[[出力#標準出力|標準出力]]
|-
|-
|[[チュートリアル02|チュートリアル02]]： Manual Mode
|[[出力#結果のダウンロード|結果のダウンロード]]
|}
|}


----
----


==マニュアル==
== チュートリアル ==
 
{|class="wikitable"
! 入力
|-
|[[入力#Information of ATR-IR experiment|Information of ATR-IR experiment]]
|-
|[[入力#Control parameters of ComplexRI fitting|Control parameters of ComplexRI fitting]]
|}
 
{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! 出力
! 使用例
|-
|-
|[[出力#標準出力|標準出力]]
|チュートリアル01： [[チュートリアル01|Automatic Mode]]
|-
|-
|[[出力#結果のダウンロード|結果のダウンロード]]
|チュートリアル02： [[チュートリアル02|Manual Mode]]
|}
|}


66行目: 35行目:
{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
|-
|-
|[[理論#ATR-IR data|Calculated reflectance of ATR-IR from complex refractive index]]
|[[Theory#ATR-IR data|Calculated reflectance of ATR-IR from complex refractive index]]
|-
|-
|[[理論#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]]
|[[Theory#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]]
|-
|-
|[[理論#Auto Fitting|Automatically determine the initial parameters in fitting procedure]]
|[[Theory#Auto Fitting|Automatically determine the initial parameters in fitting procedure]]
|}
|}


----
----
==よくある質問==
<div style="font-size: 150%;"> 1. How to cite ComplexRI </div>
: If you found Complex is helpful, please cite the following references.
<references>
<ref name = "ref1">"Effect of Frequency-Dependent Fresnel Factor on the Vibrational Sum Frequency Generation Spectra for Liquid/Solid Interfaces"
Lin Wang, Satoshi Nihonyanagi, Ken-ichi Inoue, Kei Nishikawa, Akihiro Morita, Shen Ye, Tahei Tahara, J. Phys. Chem. C, 123(25) 15665-15673 (2019).</ref>
<ref name = "ref2">"Dispersion of Complex Refractive Indices for Intense Vibrational Bands. I Quantitative Spectra"
Ryo Murata, Ken-ichi Inoue, Lin Wang, Shen Ye, and Akihiro Morita, J. Phys. Chem. B, 125(34), 9794-9803 (2021).</ref>
<ref name = "ref3">"Dispersion of Complex Refractive Indices for Intense Vibrational Bands. II Implication to Sum Frequency Generation Spectroscopy"
Lin Wang, Ryo Murata, Ken-ichi Inoue, Shen Ye, and Akihiro Morita, J. Phys. Chem. B, 125(34), 9804-9810 (2021).</ref>
</references>


[http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php/en/ComplexRI Top of this page]
[http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php/en/ComplexRI Top of this page]

2022年2月14日 (月) 02:25時点における最新版

マニュアル

入力
Information of ATR-IR experiment
Control parameters of ComplexRI fitting
出力
標準出力
結果のダウンロード

チュートリアル

使用例
チュートリアル01： Automatic Mode
チュートリアル02： Manual Mode

理論

Calculated reflectance of ATR-IR from complex refractive index
How to Fit the ATR-IR spectra
Automatically determine the initial parameters in fitting procedure

Top of this page

「http://comp.chem.tohoku.ac.jp/mediawiki/index.php?title=Jp/ComplexRI&oldid=965」から取得