「入力」の版間の差分

2022年3月3日 (木) 01:55時点における最新版

これはComplexRIの標準入力のスナップショットです。

ComplexRIの入力は大きく二つに分類されます。左の部分は、ATR-IR実験の情報に関する部分、右の部分は複素屈折率のフィッティングのパラメータを調整する部分です。以下では、それぞれについて説明します。

Information of ATR-IR experiment

①ATR-IR File

ここでは、ATR-IRの実験データをアップロードしてください。中身は以下のようになっている必要があります。

ファイルの先頭に文字がある場合、それらは無視されます。各列は空白またはコンマで区切られている。

例えば、ATR-IRでエクスポートしたcsvファイルを使用できます。

②The order of data

データの並び方を入力してください。

Ascending order: 波数が昇順 (下の図の左側)。(デフォルト)

Descending order:波数が降順 (下の図の右側)。

③Reflectance or Absorbance?

ATR-IRのデータの種類を選択してください。

Reflectance(%): 反射率のスペクトル。単位は(%)。(デフォルト)

Reflectance: 反射率のスペクトル。

Absorbance: 吸光度スペクトル。

それぞれのデータは以下の関係を持っています。

Reflectance(\%)=Reflectance*100

Absorbance=-\log _{10}(Reflectance)

④The Substrate in ATR-IR

ATR-IR実験で使用した基板の屈折率を入力してください。ここには、よく使われる３つの基板は選択として用意します。

Diamond(Refractive Index = 2.38) (デフォルト)

Zinc selenide(Refractive Index = 2.40)

Germanium(Refractive Index = 4.0).

Otherを使うことで基板の屈折率の値を入力することもできます。

⑤Incident angle in ATR-IR

ATR-IR実験のIR光の入射角を入力してください。(デフォルト=45°)

⑥Select the column of your data

入力ファイルの中で解析したいデータの列番号を入力してください。

Wavenumber: 波数の列番号。 (デフォルト: 1)

ATR-IR data: 反射率もしくは吸光度の列番号。(デフォルト: 2)

例えば、以下のようなファイルをアップロードした場合は、１列目と５列目を選んで解析に用いることができる。

Control parameters of ComplexRI fitting

⑦Title of your job

今回の解析に名前を付けてください。(※半角入力)。結果は@Title.xlsxという名前のエクセルファイルに保存されます。

⑧Input the fitting range

フィッティングを行う範囲を波数単位で入力してください。ComplexRIはこの範囲でのみ解析を行います。

Minimum wavenumber: 波数の下限。 (デフォルト: 1636)

Maximum wavenumber: 波数の上限。 (デフォルト: 1863)

⑨Refractive index of target sample in non-resonance region (

n_{j}^{0}

)

対象分子の非共鳴領域における屈折率(

n_{j}^{0}

)を入力してください。(デフォルト＝1.360)

詳細は How to Fit the ATR-IR spectra で説明しています。

⑩The tolerance of fitting

フィッティングの収束判定のしきい値を指定してください。(デフォルト: 0.02)

最小二乗法の残差は与えられた値よりも小さくなったらフィッティングが終了します。

詳細は How to Fit the ATR-IR spectra で説明しています。

注意!! この入力値が小さすぎると解析が終わらないことがあります。

⑪ Manually set the initial parameters

フィッティング関数のパラメータの初期値を自分で設定するかを選択してください。

No: 内部で自動的に設定されます。(デフォルト)

Yes: ユーザーが入力します。

フィッティングにおいて、複素屈折率はローレンツ関数を用いて表しています。

n_{j}=n_{j}^{0}+\sum _{l=1}^{l_{max}}{\frac {A_{l}}{\nu _{l}-\nu -i\gamma _{l}}}

n_{j}^{0}

⑨での入力になっています。ローレンツ関数の本数

l_{max}

とそれに対応するパラメータ

A_{l},\nu _{l},\gamma _{l}

初期値を決定する必要があります。

No

を選んだ場合、パラメータの初期値は Automatically determine the initial parameters in fitting procedure で説明されているようなアルゴリズムで自動的に決定されます。

Yes

を選んだ場合、

l_{max}

とそれぞれのローレンツ関数に対する

A_{l},\nu _{l},\gamma _{l}

の初期値を自分で設定することが可能です。

A_{l},\nu _{l},\gamma _{l}

の単位は

cm^{-1}

で

l_{max}

の最大値は５になっています。

@@ 1行目: / 1行目: @@
-: [[File:Newtoppage.png|1000px]]
+: [[File:2Newtoppage.png|1500px]]
-: これはComplexRIの標準入力のスナップショットである。
+: これはComplexRIの標準入力のスナップショットです。
-: ComplexRIの入力は大きく二つに分類される。一つは、ATR-IR実験の情報に関する部分、もう一つは複素屈折率のフィッティングのパラメータを調整する部分である。以下で、それぞれについて説明する。
+: ComplexRIの入力は大きく二つに分類されます。左の部分は、ATR-IR実験の情報に関する部分、右の部分は複素屈折率のフィッティングのパラメータを調整する部分です。以下では、それぞれについて説明します。
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@@ 10行目: / 10行目: @@
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 <div id="Input01"  style="font-size: 150%;"> ①ATR-IR File </div>
-: ここでは、ATR-IRの実験データをアップロードしてほしい。中身は以下のようになっている必要がある。
+: ここでは、ATR-IRの実験データをアップロードしてください。中身は以下のようになっている必要があります。
 : [[File:NewFILE01.png|200px]]
-: ファイル形式には二つのルールがある。
+: ファイルの先頭に文字がある場合、それらは無視されます。各列は空白またはコンマで区切られている。
-: (1). テキスト形式である。
+: 例えば、ATR-IRでエクスポートしたcsvファイルを使用できます。
-: (2). 各列は空白で区切られている。
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 <div id="Input02"  style="font-size: 150%;"> ②The order of data </div>
-: データの並び方を指定してほしい。
+: データの並び方を入力してください。
-:: Ascending order: 振動数が昇順 (下の図の左側). (デフォルト)
+:: Ascending order: 波数が昇順 (下の図の左側)。(デフォルト)
-:: Descending order: 振動数が降順 (下の図の右側).
+:: Descending order:波数が降順 (下の図の右側)。
 :[[File:NewFILE01.png|200px]][[File:NewFILE04.png|220px]]
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-<div id="Input03"  style="font-size: 150%;"> ③Reflectance or Absorptance? </div>
+<div id="Input03"  style="font-size: 150%;"> ③Reflectance or Absorbance? </div>
-: Please select the type of your ATR-IR data.
+: ATR-IRのデータの種類を選択してください。
-:: Reflectance(%): The Reflectance of ATR-IR spectra in the value of percentage. (Default)
+:: Reflectance(%): 反射率のスペクトル。単位は(%)。(デフォルト)
-:: Reflectance:    The Reflectance of ATR-IR spectra.
+:: Reflectance:    反射率のスペクトル。
-:: Absorptance:    The Absorptance of ATR-IR spectra.
+:: Absorbance:    吸光度スペクトル。
-: The relationships between each data are
+: それぞれのデータは以下の関係を持っています。
 :: <math> Reflectance(%)=Reflectance*100 </math>
-:: <math> Absorptance=-\log_{10}(Reflectance) </math>
+:: <math> Absorbance=-\log_{10}(Reflectance) </math>
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 <div id="Input04"  style="font-size: 150%;"> ④The Substrate in ATR-IR </div>
-: Please select the substrate you used in the ATR-IR experiment. Here, we prepare the three substrates often used
+: ATR-IR実験で使用した基板の屈折率を入力してください。ここには、よく使われる３つの基板は選択として用意します。
-:: Diamond(Refractive Index = 2.38)
+:: Diamond(Refractive Index = 2.38) (デフォルト)
 :: Zinc selenide(Refractive Index = 2.40)
 :: Germanium(Refractive Index = 4.0).
-: You can also input the refractive index of your substrate by selecting Others in the list.
+:Otherを使うことで基板の屈折率の値を入力することもできます。
 :[[File:4_other.png|500px]]
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 <div id="Input05"  style="font-size: 150%;"> ⑤Incident angle in ATR-IR </div>
-: Please input the incident angle in your ATR-IR experiment. (Default=45 degree)
+: ATR-IR実験のIR光の入射角を入力してください。(デフォルト=45°)
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 <div id="Input06"  style="font-size: 150%;"> ⑥Select the column of your data  </div>
-: Please input the column number of the data you want to analyze in your ATR-IR file.
+: 入力ファイルの中で解析したいデータの列番号を入力してください。
-:: Wavenumber: The column number of wavenumber in your input file. (Default: 1)
+:: Wavenumber: 波数の列番号。 (デフォルト: 1)
-:: ATR-IR data: The column number of ATR-IR data in your input file. (Default: 2)
+:: ATR-IR data: 反射率もしくは吸光度の列番号。(デフォルト: 2)
-: For example, an input file like following can be uploaded and column 1 and column 5 can be selected for analyzing.
+: 例えば、以下のようなファイルをアップロードした場合は、１列目と５列目を選んで解析に用いることができる。
 : [[File:NewFILE03.png|500px]]
 : [[File:6_15.png|300px]]
@@ 62行目: / 61行目: @@
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 <div id="Input07"  style="font-size: 150%;"> ⑦Title of your job </div>
-: Please input the title of your job (alphabet). The output results of ComplexRI will be saved in the excel format with the name @Title.xlsx
+: 今回の解析に名前を付けてください。<span color=”red”>(※半角入力)</span>。 結果は@Title.xlsxという名前のエクセルファイルに保存されます。
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 <div id="Input08"  style="font-size: 150%;"> ⑧Input the fitting range </div>
-: Please input the frequency range (in wavenumber) you want to perform the fitting. ComplexRI will fit the data only inside the range you input here.
+: フィッティングを行う範囲を波数単位で入力してください。ComplexRIはこの範囲でのみ解析を行います。
-:: Minimum wavenumber: The lower boundary of wavenumber. (Default: 1636)
+:: Minimum wavenumber: 波数の下限。 (デフォルト: 1636)
-:: Maximum wavenumber: The upper boundary of wavenumber. (Default: 1863)
+:: Maximum wavenumber: 波数の上限。 (デフォルト: 1863)
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 <div id="Input09"  style="font-size: 150%;"> ⑨Refractive index of target sample in non-resonance region (<math> n_j^0 </math>) </div>
-: Please input the refractive index of the target sample (<math> n_j^0 </math>) in non-resonance region. (Default=1.360)
+: 対象分子の非共鳴領域における屈折率(<math> n_j^0 </math>)を入力してください。(デフォルト＝1.360)
-: <math> n_j^0 </math> should be determined before the fitting procedure (see Equation in ⑪). In the reference paper, we use the refractive index values in the visible regions to fit Cauchy's equation.
+: 詳細は<u> [[Theory#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]] </u>で説明しています。
-:: <math>n = A + \frac{B}{{\lambda}^2} + \frac{C}{{\lambda}^4}</math>
-: The obtained parameters <math>A, B, C</math> were used to evaluate the refractive index at 5000 wavenumber.
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 <div id="Input10"  style="font-size: 150%;"> ⑩The tolerance of fitting </div>
-: Please input the tolerance of fitting procedure. The fitting will be finished when the calculated residual is less than this value.
+: フィッティングの収束判定のしきい値を指定してください。(デフォルト: 0.02)
-: The details are written in the<u> [[explanation01|explanation01]] </u>of<u> [[En/ComplexRI#Internal processing |Internal processing]]</u>.
+: 最小二乗法の残差は与えられた値よりも小さくなったらフィッティングが終了します。
-:<span style color="red">Notice!! Fitting can not finish if this value is too small. </span>
+: 詳細は<u> [[Theory#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]] </u>で説明しています。
+:<span style color="red">注意!! この入力値が小さすぎると解析が終わらないことがあります。 </span>
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 <div id="Input11"  style="font-size: 150%;"> ⑪ Manually set the initial parameters </div>
-: Please select whether to set the initial fitting parameters by yourself.
+: フィッティング関数のパラメータの初期値を自分で設定するかを選択してください。
-:: No: Automatically done by the algorithm (Default)
+:: No: 内部で自動的に設定されます。(デフォルト)
-:: Yes: Manually set the initial parameters by users.
+:: Yes: ユーザーが入力します。
-: In the fitting, we use a set of Lorentz functions to represent the complex refractive index
+: フィッティングにおいて、複素屈折率はローレンツ関数を用いて表しています。
 :: <math>n_j=n_j^0+\sum_{l=1}^{l_{max}} \frac{A_l}{\nu_l-\nu-i\gamma_l}</math>
-: where <math> n_j^0 </math> is input in ⑨. The number of Lorentz functions <math> l_{max} </math>, and the corresponding parameters <math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> should be determined.
+: <math> n_j^0 </math> ⑨での入力になっています。ローレンツ関数の本数<math> l_{max} </math>とそれに対応するパラメータ <math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> 初期値を決定する必要があります。
-: By selecting <math> No </math>, it means the initial parameters are automatically guessed by the algorithm explained in the <u>[[explanation01|explanation01]] </u>of<u> [[En/ComplexRI#Internal processing |Internal processing]] </u>.
+: <math> No </math>を選んだ場合、パラメータの初期値は<u> [[Theory#Auto Fitting| Automatically determine the initial parameters in fitting procedure]] </u>で説明されているようなアルゴリズムで自動的に決定されます。
-: By selecting <math> Yes </math>, you can manually set <math> l_{max} </math> and <math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> for each Lorentz function by yourself. The units of <math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> are all wavenumber. <math> l_{max} </math> is up to 5.
+: <math> Yes </math>を選んだ場合、<math> l_{max} </math> と それぞれのローレンツ関数に対する<math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math>の初期値を自分で設定することが可能です。<math> A_l, \nu_l, \gamma_l </math> の単位は<math>cm^{-1}</math>で<math> l_{max} </math>の最大値は５になっています。
 : [[File:11yes.png|500px]]

「入力」の版間の差分

2022年3月3日 (木) 01:55時点における最新版

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