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提供: ComplexRI: Manual
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__NOTOC__
 
==Manual==
 
{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! Index
! Input of ComplexRI
|-
|[[#Overview|Overview]]
|-
|[[#Characteristic|Characteristic]]
|-
|[[#Production|Production]]
|-
|-
|[[#Tutorial|Tutorial]]
|[[Input#Information of ATR-IR experiment|Information of ATR-IR experiment]]
|-
|-
|[[#Manual|Manual]]
|[[Input#Control parameters of ComplexRI fitting|Control parameters of ComplexRI fitting]]
|-
|[[#Internal processing|Internal processing]]
|}
|}


== Overview ==
　本ComplexRIは、全反射実験から得たデータを用いて、複素屈折率の分散を調べるためのWebアプリケーションである。複素屈折率の分散を調べることは和周波分光の解析に役立つ。界面SFG分光とは可視光と赤外光の2つの光を照射したときに、界面で選択的に発生する和周波光を検出するもので、2次の非線形効果を応用した分光法であり、近年液体界面や高分子界面などを含めた幅広い界面分析に応用されるようになった。この和周波発生はフレネル係数に大きく影響されており、また、フレネル係数は屈折率に依存した量である。そこで和周波分光を解析するには複素屈折率の分散を調べることが必要であり、本Complexそれを手軽に行えることを目的に開発された。
==Characteristic==
*全反射実験の実験データさえあれば、複素屈折率の分散を出すことが可能。
*適用範囲は赤外領域。これは、和周波分光では官能基を調べることを目的としており、これに一致する光の周波数帯が赤外領域だからである。
==Production==
　和周波分光の結果をより正確に解析するための情報として様々な官能基に関する複素屈折率の分散を調べた論文<ref name = "ref1" /><ref name = "ref2" /><ref name = "ref3" />がある。これは全反射実験のデータに基づいて屈折率の分散をまとめたものになっている。本ComplexRIはこれに基づいて、全反射実験のデータさえ与えれば、同じようなフィッティングが簡単に行えるように開発された。<br />
　フィッティング計算には論文<ref name = "ref2" /><ref name = "ref3" />で用いられたものを主として用いている。これは、本研究室の王助教と以前森田グループに所属していた村田によって作成されたものである。本ComplexRIでは初期値を設定しなくてもフィッティングが行えるように、少しアルゴリズムを改良している。これは本研究室の森田教授、王助教の指導の下で上村が実装した。<br />
　また、WebアプリケーションとしてのUIも上村が実装した。
== Tutorial ==
{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! index（Tutorial）
! Output of ComplexRI
|-
|-
|[[Tutorial01|Tutorial01]]：Input the file
|[[Output#Stardard output of ComplexRI|Stardard output of ComplexRI]]
|-
|-
|[[Tutorial02|Tutorial02]]：Input the condition for analysis
|[[Output#Download your results|Download your results]]
|-
|[[Tutorial03|Tutorial03]]：Change the format of the Input file
|-
|[[Tutorial04|Tutorial04]]：Input the condition of ATR-IR experiment
|}
|}


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==Manual==
== Tutorial ==
 
{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! index（Input）
! Examples to use ComplexRI
|-
|[[Input#Input01|Input01]]：The name of Output file
|-
|[[Input#Input02|Input02]]：Input file
|-
|-
|[[Input#Input03|Input03]]：Which kinds of data is Output in the Input file, absorptance or reflectance?
| Tutorial01：[[Tutorial01| Automatic Mode]]
|-
|-
|[[Input#Input04|Input04]]：The range of wavenumber to fit the Reflectance Spectra
| Tutorial02： [[Tutorial02|Manual Mode]]
|-
|[[Input#Input05|Input05]]：The lines to use for analysis in the Input file
|-
|[[Input#Input06|Input06]]：The order of data in the inpurfile, ascending order or descending order?
|-
|[[Input#Input07|Input07]]：The kinds of the substrate used in the ATR-IR experiment
|-
|[[Input#Input08|Input08]]：Angle of incidence of IR light
|-
|[[Input#Input09|Input09]]：Refractive index without dispersion
|-
|[[Input#Input10|Input10]]：How strictly you fit the Reflectance Spectra ?
|-
|[[Input#Input11|Input11]]：How to set the paramater of the fitting function
|}
 
{|class="wikitable"
! index（Output）
|-
|[[Output#Output01|Output01]]：Number
|-
|[[Output#Output02|Output02]]：Table
|-
|[[Output#Output03|Output03]]：Graph
|-
|[[Output#Output04|Output04]]：Output file
|}
|}


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==Internal processing==
==Theory==


{|class="wikitable"
{|class="wikitable"
! index（Internal peocessing）
|-
|-
|[[explanation01|explanation01]]：how to fit the Reflectance spectra
|[[Theory#ATR-IR data|Calculated reflectance of ATR-IR from complex refractive index]]
|-
|[[Theory#Fitting procedure| How to Fit the ATR-IR spectra]]
|-
|[[Theory#Auto Fitting|Automatically determine the initial parameters in fitting procedure]]
|}
|}
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==References==
<references>
<ref name = "ref1">"Effect of Frequency-Dependent Fresnel Factor on the Vibrational Sum Frequency Generation Spectra for Liquid/Solid Interfaces"
Lin Wang, Satoshi Nihonyanagi, Ken-ichi Inoue, Kei Nishikawa, Akihiro Morita, Shen Ye, Tahei Tahara, J. Phys. Chem. C, 123(25) 15665-15673 (2019).</ref>
<ref name = "ref2">"Dispersion of Complex Refractive Indices for Intense Vibrational Bands. II Implication to Sum Frequency Generation Spectroscopy"
Lin Wang, Ryo Murata, Ken-ichi Inoue, Shen Ye, and Akihiro Morita, J. Phys. Chem. B, 125(34), 9804-9810 (2021).</ref>
<ref name = "ref3">"Dispersion of Complex Refractive Indices for Intense Vibrational Bands. I Quantitative Spectra"
Ryo Murata, Ken-ichi Inoue, Lin Wang, Shen Ye, and Akihiro Morita, J. Phys. Chem. B, 125(34), 9794-9803 (2021).</ref>
</references>

2022年2月14日 (月) 10:54時点における最新版

Manual

Input of ComplexRI
Information of ATR-IR experiment
Control parameters of ComplexRI fitting
Output of ComplexRI
Stardard output of ComplexRI
Download your results

Tutorial

Examples to use ComplexRI
Tutorial01： Automatic Mode
Tutorial02： Manual Mode

Theory

Calculated reflectance of ATR-IR from complex refractive index
How to Fit the ATR-IR spectra
Automatically determine the initial parameters in fitting procedure

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