利用者の投稿記録

2026年5月26日 (火) 04:16 差分履歴 +1,443‎ 新 Grid data 1d struct ‎ ページの作成:「== 概要 == grid_data_1d_struct は等間隔の一次元格子上のデータを取り扱う構造体である。同様の機能を持つ構造体として graph_stru…」最新
2026年5月26日 (火) 04:16 差分履歴 +2,526‎ 新 Grid data 2d struct ‎ ページの作成:「== 概要 == grid_data_2d_struct は等間隔の二次元格子上のデータを取り扱う構造体である。同様の機能を持つ構造体として graph_stru…」最新
2026年5月26日 (火) 04:16 差分履歴 +8,658‎ 新 Linked list ‎ ページの作成:「== Background == Linked list (March. 18, 2016, 11:40 UTC). In Wikipedia: The Free Encyclopedia. Retrieved from [https://en.wikipedia.org/wiki/Linked_list] In computer…」最新
2026年5月26日 (火) 04:15 差分履歴 +6,313‎ 新 Graph theory algorithms ‎ ページの作成:「This page provides basic information about "math_graph_plus_struct". The "math_graph_plus_struct" provides user access to a number of graph theory algorithms. '''The gra…」最新
2026年5月26日 (火) 04:15 差分履歴 +3,514‎ 新 Piecewise polynomial struct ‎ ページの作成:「== 概要 == piecewise_polynomial_struct は多項式と分岐条件で作られる一次元の区分多項式を解析的に取り扱うために作られた構造体で…」最新
2026年5月26日 (火) 04:15 差分履歴 +2,974‎ 新 Piecewise struct ‎ ページの作成:「区分構造を扱う構造体。ここで区分構造とは数直線の切り分け方を意味する。例えば数直線を 0, 1 で切り分ける場合、数直…」最新
2026年5月26日 (火) 04:14 差分履歴 +2,898‎ 新 Polynomial2 struct ‎ ページの作成:「多項式の計算を行う構造体。和・差・積、微分・積分、シフト・反転等の操作が行える。 == サンプルコード == <source lang="for…」最新
2026年5月26日 (火) 04:14 差分履歴 +3,906‎ 新周期境界条件下の分極についての考察 ‎ ページの作成:「 == 剰余計算で成り立つ関係式 == <math>x</math> の <math>y</math> を法とする剰余を <math>x\ \bmod\ y</math> と書く。この時、 *<math> (x\ \bmo…」最新
2026年5月26日 (火) 04:14 差分履歴 +2,367‎ 新 REUS法の交換確率の見積もり ‎ ページの作成:「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) 法において、隣接したバイアスポテンシャルの交換確率の見積もりを与える。ここで…」最新
2026年5月26日 (火) 04:13 差分履歴 +10,489‎ 新 Weighted Histogram Analysis Method ‎ ページの作成:「== 1.Multiple Histogram Reweighting == カノニカルアンサンブルにおいてある座標<math>Q(\mathbf{r}^N)</math> に関してバイアスポテンシャル<ma…」最新
2026年5月26日 (火) 04:13 差分履歴 +4,274‎ 新 1/r の発散の防止について ‎ ページの作成:「== 方針 == 　ポテンシャル等 <math> f \left( \frac{1}{r} \right) </math>　で定義される関数は、<math>r \ll 1 </math>　において発散を生じる…」最新
2026年5月26日 (火) 04:13 差分履歴 +5,950‎ 新 Balanced search tree ‎ ページの作成:「This page explains the details of balanced search tree data structure used by Delaunay triangulation. = Background = [https://www.cs.cmu.edu/afs/cs/academic/class/15…」最新
2026年5月26日 (火) 04:13 差分履歴 +16,987‎ 新電位差一定のMD計算 ‎ ページの作成:「 == 基本的なアイデア == 　拡張系による圧力制御、温度制御の方法に倣い、MD計算に仮想的なコンデンサを結合させることで電…」最新
2026年5月26日 (火) 04:12 差分履歴 +34,037‎ 新内部座標に対する微分の式 ‎ ページの作成:「ここでは、内部座標の定義とその微分の式を記す。 == 数式の notation == ・ベクトルの下付き添字の2つのアルファベットは <math>…」最新
2026年5月26日 (火) 04:12 差分履歴 +224‎ 新 Gauss関数による離散データのfitting ‎ ページの作成:「Newton-Raphson法を利用し、任意次元の離散データを任意数のGauss関数でfittingする。プログラムgauss_fit.exeにより実行可能。式の…」最新
2026年5月26日 (火) 04:12 差分履歴 +329‎ 新溶液界面のグランドカノニカルMD ‎ ページの作成:「溶液の界面系（気液界面・液液界面）を対象として、溶質のバルク密度を一定とするグランドカノニカルMDが実行できる。シ…」最新
2026年5月26日 (火) 03:29 差分履歴 −4‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎ →‎相互作用エネルギーのスケーリング（分子内も含めて）
2026年5月26日 (火) 03:28 差分履歴 +2‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎ →‎相互作用エネルギーのスケーリング（分子間のみ）
2026年5月26日 (火) 03:28 差分履歴 +2‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎ →‎相互作用エネルギーのスケーリング（分子間のみ）
2026年5月26日 (火) 03:27 差分履歴 +32‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎ →‎相互作用エネルギーのスケーリング（分子間のみ）
2026年5月26日 (火) 03:26 差分履歴 +30‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎ →‎相互作用エネルギーのスケーリング（分子間のみ）
2026年5月26日 (火) 03:25 差分履歴 −2‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎
2026年5月26日 (火) 03:23 差分履歴 −30‎ チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 ‎
2026年5月26日 (火) 03:13 差分履歴 +2,527‎ 新自由エネルギー計算【未完成】 ‎ ページの作成:「 == overlapping distribution法 == <math> q_0 = \int d\mathbf{r}^N \exp[-\beta U_0 (\mathbf{r}^N)] \\ q_1 = \int d\mathbf{r}^N \exp[-\beta U_1 (\mathbf{r}^N)] </math>…」最新
2026年5月26日 (火) 03:12 差分履歴 +3,738‎ 新結果の解析（Analysis） ‎ ページの作成:「 monitor システムによって出力されたデータファイルを解析するためのプログラム。平均値、分布関数、時間相関関数、自由エ…」最新
2026年5月26日 (火) 03:12 差分履歴 +20,376‎ 新変数の出力（Monitor） ‎ ページの作成:「 &monitor を FreeFlex 本体の入力ファイル中のネームリストに用いることで、 MD 計算で時々変化する変数（座標、速度、力、エネ…」最新
2026年5月26日 (火) 03:12 差分履歴 +9,344‎ 新バイアス・ポテンシャルの利用 ‎ ページの作成:「FreeFlexでは、さまざまなバイアス・ポテンシャルを設定することが容易である。FreeFlexのコード開発に沿って、4通りのバイアス…」最新
2026年5月26日 (火) 03:12 差分履歴 +22,602‎ 新拘束計算 ‎ ページの作成:「　一般化座標を４章のようにユーザー定義して与えた際に、その座標を拘束した計算が一般的に可能である。 == ネームリ…」最新
2026年5月26日 (火) 03:11 差分履歴 +21,669‎ 新一般化座標(ユーザー定義座標) ‎ ページの作成:「　FreeFlexの一つの大きな特徴は、ユーザーが独自に一般化座標を使用して、その値やその上の自由エネルギー面を計算できるこ…」最新
2026年5月26日 (火) 03:11 差分履歴 +3,427‎ 新 &FEP および tools/FEPBIAS.exe中の&INPUT ‎ ページの作成:「　自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装はチュート…」最新
2026年5月26日 (火) 03:10 差分履歴 +16,449‎ 新 Biasmk4 system ‎ ページの作成:「== Background == Bias は、ユーザー定義の一般化座標 (一般化座標(ユーザー定義座標) を参照) に対して任意のバイアス・ポテン…」最新
2026年5月26日 (火) 02:52 差分履歴 +17,080‎ Monitor System ‎ 最新
2026年5月26日 (火) 02:52 差分履歴 +3,296‎ 新 Monitor System ‎ ページの作成:「　ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。 ;condition: 条件設…」
2026年5月26日 (火) 02:51 差分履歴 +3,296‎ 新 &spcoord ‎ ページの作成:「　ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。 ;condition: 条件設…」最新
2026年5月26日 (火) 02:51 差分履歴 +832‎ 新 &addCOM ‎ ページの作成:「　サイトのグループの重心座標を与える。重心座標を用いて一般化座標などを定義する際に用いられる。複数の重心を追加す…」最新
2026年5月26日 (火) 02:51 差分履歴 +702‎ 新 &constraint ‎ ページの作成:「== 拘束計算（５章）全体を管理する変数== ;tolerance: SHAKE-RATTLE法の収束の判定条件に使うパラメータ（default: 1.0d-16 angstroms…」最新
2026年5月26日 (火) 02:51 差分履歴 +1,703‎ 新 &addconstr ‎ ページの作成:「　拘束条件を課す座標およびその拘束条件を指定する。2つ以上の拘束条件を課す際には、&addconstr をそれぞれ用意して並べる…」最新
2026年5月26日 (火) 02:46 差分履歴 +3,633‎ 新 &gauss fit ‎ ページの作成:「プログラムgauss_fit.exeに関する説明はチュートリアル09:ガウス関数を用いた自由エネルギー面のフィッティング|チュートリア…」最新
2026年5月26日 (火) 02:46 差分履歴 +209‎ 新 &WHAMSETTING ‎ ページの作成:「;wham_mode: The switch for WHAM analysis. When it is true, normal MD simulation will not be performed in FreeFlex.exe. ;mpi_size: WHAM計算を実施するMDの並列ト…」最新
2026年5月26日 (火) 02:45 差分履歴 +19,429‎ 新 Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) ‎ ページの作成:「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) is implemented by utilizing MPI & biasmk4_struct. <del>Compatibility with biasmk3_struct might be added later.</del…」最新
2026年5月26日 (火) 02:45 差分履歴 +562‎ 新 &dE dim and &dE param ‎ ページの作成:「;(1)&dE_dim ;nsite_redox: 電子移動により分子パラメータ(電荷,分極率およびLJパラメータ)の変化するサイトの総数 ;(2)&dE_param ;id_redox…」最新
2026年5月26日 (火) 02:44 差分履歴 +1,261‎ 新 &nonLB ‎ ページの作成:「ローレンツベルテロ則を用いず、直接σ,εを指定して計算する。具体的にはadd.nmlを以下ように作成して系を作り計算すれば…」最新
2026年5月26日 (火) 02:42 差分履歴 +6,577‎ 新 &gc, &gc bias, &gc density, &gc free, &gcbias, &accel dequil ‎ ページの作成:「溶液界面のグランドカノニカルMDに関するネームリストおよびセクション。 {| class="wikitable" |- ! 名称 ! 説明 |- |&gc |グランドカ…」最新
2026年5月26日 (火) 02:42 差分履歴 +1,273‎ 新 &conductor ‎ ページの作成:「一つのネームリスト &conductor は導体一つ分の条件を与える。系に複数の導体が存在し、それらが独立に等電位条件を満たす場…」最新
2026年5月26日 (火) 02:42 差分履歴 +18,289‎ 新 Msファイルの仕様 ‎ ページの作成:「==ms ファイルの入力例== ===version<0.3=== === water.ms =================================================================================== &system version =…」最新
2026年5月26日 (火) 02:41 差分履歴 +539‎ 新 &systemとmsファイルの変数 ‎ ページの作成:「　&systemネームリストはMDシステムの基本情報を示し、FreeFlex.exe の他にもadd2.exe, ms2xyz.exe, xyz2ms.exe でも使用されるが、多少仕様…」最新
2026年5月26日 (火) 02:41 差分履歴 +8,447‎ 新 &FreeFlex ‎ ページの作成:「 == 指定が必須のパラメータ == ;ms_init_file: 入力に使う ms ファイルの名前。 ;xyz_traj_file: トラジェクトリを出力する xyz ファイル…」最新
2026年5月26日 (火) 02:41 差分履歴 +1,004‎ 新 &add ‎ ページの作成:「;file: ms ファイル名（必須） ;n: 追加する分子数（必須） ;area: 分子を設置する領域。長さの単位はÅ。 "all" :…」最新
2026年5月26日 (火) 02:40 差分履歴 +5,470‎ 新 Biasdata gen.exe ‎ ページの作成:「biasdata_gen.exe input_file output_file ---input_file---- &BIASDATA nbiasA = 22 nbiasB = 20 secA1 = "PARABOLIC 1 1 2 0.50d-10" secA2 = "" secB1 = "PARABOLIC 1…」最新
2026年5月26日 (火) 02:40 差分履歴 +1,831‎ 新 Mkbias.exe ‎ ページの作成:「簡易なcsvファイルから&biasdataファイルとbias番号を割り当てたcsvファイルを出力するプログラム。使い方： ./mkbias.exe book.csv…」最新

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