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- 2026年5月26日 (火) 03:12 バイアス・ポテンシャルの利用 (履歴 | 編集) [9,344バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「FreeFlexでは、さまざまなバイアス・ポテンシャルを設定することが容易である。FreeFlexのコード開発に沿って、4通りのバイアス…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:12 拘束計算 (履歴 | 編集) [22,602バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 一般化座標を４ 章のようにユーザー定義して与えた際に、その座標を拘束した計算が一般的に可能である。 == ネームリ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:11 一般化座標(ユーザー定義座標) (履歴 | 編集) [21,669バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 FreeFlexの一つの大きな特徴は、ユーザーが独自に一般化座標を使用して、その値やその上の自由エネルギー面を計算できるこ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:11 &FEP および tools/FEPBIAS.exe中の&INPUT (履歴 | 編集) [3,427バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装は チュート…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:10 Biasmk4 system (履歴 | 編集) [16,449バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== Background == Bias は、ユーザー定義の一般化座標 (一般化座標(ユーザー定義座標) を参照) に対して任意のバイアス・ポテン…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:52 Monitor System (履歴 | 編集) [20,376バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。 ;condition: 条件設…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 &spcoord (履歴 | 編集) [3,296バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。 ;condition: 条件設…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 &addCOM (履歴 | 編集) [832バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 サイトのグループの重心座標を与える。重心座標を用いて一般化座標などを定義する際に用いられる。複数の重心を追加す…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 &constraint (履歴 | 編集) [702バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 拘束計算（５ 章）全体を管理する変数== ;tolerance: SHAKE-RATTLE法の収束の判定条件に使うパラメータ（default: 1.0d-16 angstroms…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 &addconstr (履歴 | 編集) [1,703バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 拘束条件を課す座標およびその拘束条件を指定する。2つ以上の拘束条件を課す際には、&addconstr をそれぞれ用意して並べる…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:46 &gauss fit (履歴 | 編集) [3,633バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「プログラムgauss_fit.exeに関する説明はチュートリアル09:ガウス関数を用いた自由エネルギー面のフィッティング|チュートリア…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:46 &WHAMSETTING (履歴 | 編集) [209バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「;wham_mode: The switch for WHAM analysis. When it is true, normal MD simulation will not be performed in FreeFlex.exe. ;mpi_size: WHAM計算を実施するMDの並列ト…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:45 Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) (履歴 | 編集) [19,429バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) is implemented by utilizing MPI & biasmk4_struct. <del>Compatibility with biasmk3_struct might be added later.</del…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:45 &dE dim and &dE param (履歴 | 編集) [562バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「;(1)&dE_dim ;nsite_redox: 電子移動により分子パラメータ(電荷,分極率およびLJパラメータ)の変化するサイトの総数 ;(2)&dE_param ;id_redox…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:44 &nonLB (履歴 | 編集) [1,261バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「ローレンツベルテロ則を用いず、 直接σ,εを指定して計算する。 具体的にはadd.nmlを以下ように作成して系を作り計算すれば…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:42 &gc, &gc bias, &gc density, &gc free, &gcbias, &accel dequil (履歴 | 編集) [6,577バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「溶液界面のグランドカノニカルMDに関するネームリストおよびセクション。 {| class="wikitable" |- ! 名称 ! 説明 |- |&gc |グランドカ…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:42 &conductor (履歴 | 編集) [1,273バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「一つのネームリスト &conductor は導体一つ分の条件を与える。 系に複数の導体が存在し、それらが独立に等電位条件を満たす場…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:42 Msファイルの仕様 (履歴 | 編集) [18,289バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「==ms ファイルの入力例== ===version<0.3=== === water.ms =================================================================================== &system version =…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:41 &systemとmsファイルの変数 (履歴 | 編集) [539バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 &systemネームリストはMDシステムの基本情報を示し、FreeFlex.exe の他にもadd2.exe, ms2xyz.exe, xyz2ms.exe でも使用されるが、多少仕様…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:41 &FreeFlex (履歴 | 編集) [8,447バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 == 指定が必須のパラメータ == ;ms_init_file: 入力に使う ms ファイルの名前。 ;xyz_traj_file: トラジェクトリを出力する xyz ファイル…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:41 &add (履歴 | 編集) [1,004バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「;file: ms ファイル名（必須） ;n: 追加する分子数（必須） ;area: 分子を設置する領域。長さの単位はÅ。 "all" :…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:40 Biasdata gen.exe (履歴 | 編集) [5,470バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「biasdata_gen.exe input_file output_file ---input_file---- &BIASDATA nbiasA = 22 nbiasB = 20 secA1 = "PARABOLIC 1 1 2 0.50d-10" secA2 = "" secB1 = "PARABOLIC 1…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:40 Mkbias.exe (履歴 | 編集) [1,831バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「簡易なcsvファイルから&biasdataファイルとbias番号を割り当てたcsvファイルを出力するプログラム。 使い方： ./mkbias.exe book.csv…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:40 Tools/therm int.exe (履歴 | 編集) [1,433バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「分子の一般化座標を拘束したMPI並列計算による平均力サンプリングの出力ファイルを読み込み、 1次元自由エネルギー面を計算…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:39 Tools/tapstep fit.exe (履歴 | 編集) [1,369バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「一次元自由エネルギー面をバイアスポテンシャルのタイプTAPERED_STEPでフィッティングするプログラム。 主にグランドカノニカ…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:39 Tools/gc analyzer.exe (履歴 | 編集) [4,579バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「グランドカノニカルMDの出力データを解析し、ON-OFF間の密度分布と自由エネルギー面を求めるプログラム。 それぞれFreeFlex.exe…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:39 Tools/analysis.exe (履歴 | 編集) [3,738バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 monitor システムによって出力されたデータファイルを解析するためのプログラム。 平均値、分布関数、時間相関関数、自由エ…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:38 チュートリアル12:導体モデルを用いた固液界面のMD計算 (履歴 | 編集) [3,475バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「導体分子を含む系のMD計算を行うためのチュートリアル。 導体計算のプログラム内部での取り扱いの概要と、実際の MD 計算に…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:37 チュートリアル11:界面張力計算 (履歴 | 編集) [16,921バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「界面張力の計算を行う時、平衡化については他の方法と同様である。従ってここでは、サンプリング(インプットとしてどの変…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:37 (水溶液界面のグランドカノニカルMD) (履歴 | 編集) [42,912バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「溶液の界面の系を適用対象として液相のバルクにおける溶質密度を一定とするグランドカノニカルMDの実行方法、特にCoulomb相…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:37 チュートリアル10:溶液界面のグランドカノニカルMD (履歴 | 編集) [33,377バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「溶液の界面の系を適用対象として液相のバルクにおける溶質密度を一定とするグランドカノニカルMDの実行方法を解説する。…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:36 チュートリアル09:ガウス関数を用いた自由エネルギー面のフィッティング (履歴 | 編集) [14,575バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「任意次元の自由エネルギー面の離散的な計算値を、なめらかな解析関数でフィッティングする。 == 計算の基礎 == 任意次元の…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:36 チュートリアル08:water finger の解析と2次元自由エネルギー面の計算 (履歴 | 編集) [8,013バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「本章ではwater finger の解析と2次元自由エネルギー面の計算について説明する。 == 計算する系の作成 == チュートリアル07:REUS…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:36 チュートリアル07:REUSを用いた1次元自由エネルギー面の計算 (履歴 | 編集) [9,475バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 本章ではREUS(レプリカ交換アンブレラサンプリング)を用いた1次元自由エネルギー面の計算を説明する。 == 計算する系の作…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:35 チュートリアル06:ランダム力の時間相関関数 (履歴 | 編集) [5,690バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 本節ではFreeFlexを用いたランダム力の時間相関関数の計算方法を示す。 今回は、水900 分子、Cl<sup>-</sup>イオン1分子の系で…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:35 (チュートリアル05:拘束計算) (履歴 | 編集) [1,287バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 FreeFlex で拘束計算を行うにはネームリストファイルに、 === input.nml ===========================================================================…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:35 チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 (履歴 | 編集) [19,366バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 ここでは、水分子1つがDCM液体に加わった/消えたときの自由エネルギー差として、溶媒和自由エネルギーを求める。実際の計…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:35 チュートリアル03:water finger の解析 (履歴 | 編集) [15,789バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 本章ではFreeFlexによるwater finger の解析について説明する。 系としては 水-DCM系における Na<sup>+</sup> の輸送を取り扱う。 '''注…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:34 チュートリアル02：並列実行 (履歴 | 編集) [13,256バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 本章ではFreeFlexにより同時に複数のMD計算を行う方法について説明する。なお、MPI計算はサーバーごとに使用方法が微妙に異…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:34 チュートリアル01：水-DCM 界面のシミュレーション (履歴 | 編集) [20,549バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 本章ではFreeFlexを用いたMD計算の実行までを説明する。 == FreeFlex のビルド == FreeFlex には 2026/03/16 現在、 FreeFlex/Makefile、Fre…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:22 数式の書き方 (履歴 | 編集) [59,617バイト] Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「Original Link: [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%88%A9%E7%94%A8%E8%80%85:%E3%82%8F%E3%81%9F%E3%81%82%E3%82%81%E3%81%B2%E3%81%BF%E3%81%A4/%E6%95%B0%E5%BC%8F%E3%81%AE%E6%9…」)