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ComplexRI: Manualの取得できる記録をまとめて表示しています。 記録の種類、実行した利用者 (大文字小文字は区別)、影響を受けたページ (大文字小文字は区別) による絞り込みができます。
(最新 | 最古) (以後の50件 | 以前の50件) (20 | 50 | 100 | 250 | 500 件) を表示- 2026年5月26日 (火) 04:21 Hirano トーク 投稿記録 がページ「拡張構造体を使ったプログラミングにおける問題と解決策」を作成しました (ページの作成:「Fortran で拡張構造体を利用する場合、言語仕様に伴ういくつかの困難が存在する。 本ページではそれらについて示すとともに…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:21 Hirano トーク 投稿記録 がページ「（旧）各種ドキュメントの説明」を作成しました (ページの作成:「== 各種ドキュメントの説明 == ;analysis.docx: anlysis.exe に関する説明。 ;bias.nb:電場を制御したMDで使用するバイアス関数を考察す…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:21 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Git簡易マニュアル」を作成しました (ページの作成:「 gitはプログラム開発の過程のバージョン管理を自動化するツールで、ネットワーク上で複数人でのプログラム開発を行う上…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:20 Hirano トーク 投稿記録 がページ「コーディングルール」を作成しました (ページの作成:「 複数人でプログラム開発を行うときには、ソースコード全体の統一を保って読みやすく管理しやすくするため、一定の共通…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:20 Hirano トーク 投稿記録 がページ「テンプレート:EquationRef」を作成しました (ページの作成:「<includeonly><span {{#ifeq:{{{noid}}}|noid||id="math_{{{1}}}"}} class="reference nourlexpansion" style="font-weight:bold; font-style:italic;">{{#if: {{{2|}}}|{{{2}}}|{{{1…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:20 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Common module」を作成しました (ページの作成:「 commonモジュール(module common_module)内には、プログラム全体で共通性の高い定数や手続きがまとめられている。これらの定数や…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:19 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Flexlist module」を作成しました (ページの作成:「 Flexiest モジュールは、サイズ可変のリスト型データの集まりのフォーマットを変換するサブルーチンをまとめたものである…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:19 Hirano トーク 投稿記録 がページ「LIST DATA」を作成しました (ページの作成:「== Introduction == The list_data_module defined in list_data.F contains an extendable LIST_DATA struct that is used by linked_list_struct and Dicti…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:19 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Bias system」を作成しました (ページの作成:「== Background == Bias は、ユーザー定義の一般化座標 (一般化座標(ユーザー定義座標) を参照) に対して任意のバイアス・ポテン…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:19 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Conductor struct」を作成しました (ページの作成:「== 概要 == conductor_struct は導体分子の設定とMD中の分極計算を管理する構造体。 == 変数 == conductor_struct の主な構成変数を以下の…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:18 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Constraint struct」を作成しました (ページの作成:「== Background == Constraint2 は、分子内の内部座標やユーザー定義の一般化座標 (spcoord_struct を参照) に拘束をかける機能を与える…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:18 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Coord struct」を作成しました (ページの作成:「== Background == coord_struct 構造体の解説は、一般化座標(ユーザー定義座標) を参照のこと。」)
- 2026年5月26日 (火) 04:18 Hirano トーク 投稿記録 がページ「System struct」を作成しました (ページの作成:「== 概要 == system_struct は ms ファイルに対する操作を行う構造体である。 現在、(ms ファイルの)バージョンが0.3未満と0.3以上で仕…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:17 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Delaunay triangulation」を作成しました (ページの作成:「This page provides basic information about "delaunay_tri_struct". The "delaunay_tri_struct" contains a subroutine that calculates the Delaunay triangulation from given se…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:17 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Dictionary data structure」を作成しました (ページの作成:「==Background== The struct that provides user access to dictionary data structure. This dictionary is actually an array of linked lists managed by a simple hash table.…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:17 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Diis struct」を作成しました (ページの作成:「== 概要 == diis_struct はSCF計算に対する収束加速法であるDIIS法の計算を行う構造体である。 SCF計算は分極計算やWHAM計算等、多く…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:16 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Fft struct」を作成しました (ページの作成:「 == 概要 == プログラムの本体に直接高速フーリエ変換ライブラリの関数を使ってしまうと、ライブラリの移行が困難になる。…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:16 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Grid data 1d struct」を作成しました (ページの作成:「== 概要 == grid_data_1d_struct は等間隔の一次元格子上のデータを取り扱う構造体である。 同様の機能を持つ構造体として graph_stru…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:16 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Grid data 2d struct」を作成しました (ページの作成:「== 概要 == grid_data_2d_struct は等間隔の二次元格子上のデータを取り扱う構造体である。 同様の機能を持つ構造体として graph_stru…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:16 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Linked list」を作成しました (ページの作成:「== Background == Linked list (March. 18, 2016, 11:40 UTC). In Wikipedia: The Free Encyclopedia. Retrieved from [https://en.wikipedia.org/wiki/Linked_list] In computer…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:15 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Graph theory algorithms」を作成しました (ページの作成:「This page provides basic information about "math_graph_plus_struct". The "math_graph_plus_struct" provides user access to a number of graph theory algorithms. '''The gra…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:15 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Piecewise polynomial struct」を作成しました (ページの作成:「== 概要 == piecewise_polynomial_struct は多項式と分岐条件で作られる一次元の区分多項式を解析的に取り扱うために作られた構造体で…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:15 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Piecewise struct」を作成しました (ページの作成:「区分構造を扱う構造体。 ここで区分構造とは数直線の切り分け方を意味する。 例えば数直線を 0, 1 で切り分ける場合、 数直…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:14 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Polynomial2 struct」を作成しました (ページの作成:「多項式の計算を行う構造体。 和・差・積、微分・積分、シフト・反転 等の操作が行える。 == サンプルコード == <source lang="for…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:14 Hirano トーク 投稿記録 がページ「周期境界条件下の分極についての考察」を作成しました (ページの作成:「 == 剰余計算で成り立つ関係式 == <math>x</math> の <math>y</math> を法とする剰余を <math>x\ \bmod\ y</math> と書く。 この時、 *<math> (x\ \bmo…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:14 Hirano トーク 投稿記録 がページ「REUS法の交換確率の見積もり」を作成しました (ページの作成:「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) 法において、隣接したバイアスポテンシャルの交換確率の見積もりを与える。 ここで…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:13 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Weighted Histogram Analysis Method」を作成しました (ページの作成:「== 1.Multiple Histogram Reweighting == カノニカルアンサンブルにおいてある座標<math>Q(\mathbf{r}^N)</math> に関してバイアスポテンシャル<ma…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:13 Hirano トーク 投稿記録 がページ「1/r の発散の防止について」を作成しました (ページの作成:「== 方針 == ポテンシャル等 <math> f \left( \frac{1}{r} \right) </math> で定義される関数は、<math>r \ll 1 </math> において発散を生じる…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:13 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Balanced search tree」を作成しました (ページの作成:「This page explains the details of balanced search tree data structure used by Delaunay triangulation. = Background = [https://www.cs.cmu.edu/afs/cs/academic/class/15…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:13 Hirano トーク 投稿記録 がページ「電位差一定のMD計算」を作成しました (ページの作成:「 == 基本的なアイデア == 拡張系による圧力制御、温度制御の方法に倣い、MD計算に仮想的なコンデンサを結合させることで電…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「内部座標に対する微分の式」を作成しました (ページの作成:「ここでは、内部座標の定義とその微分の式を記す。 == 数式の notation == ・ベクトルの下付き添字の2つのアルファベットは <math>…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Gauss関数による離散データのfitting」を作成しました (ページの作成:「Newton-Raphson法を利用し、任意次元の離散データを任意数のGauss関数でfittingする。 プログラムgauss_fit.exeにより実行可能。 式の…」)
- 2026年5月26日 (火) 04:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「溶液界面のグランドカノニカルMD」を作成しました (ページの作成:「溶液の界面系（気液界面・液液界面）を対象として、溶質のバルク密度を一定とするグランドカノニカルMDが実行できる。 シ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:13 Hirano トーク 投稿記録 がページ「自由エネルギー計算【未完成】」を作成しました (ページの作成:「 == overlapping distribution法 == <math> q_0 = \int d\mathbf{r}^N \exp[-\beta U_0 (\mathbf{r}^N)] \\ q_1 = \int d\mathbf{r}^N \exp[-\beta U_1 (\mathbf{r}^N)] </math>…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「結果の解析（Analysis）」を作成しました (ページの作成:「 monitor システムによって出力されたデータファイルを解析するためのプログラム。 平均値、分布関数、時間相関関数、自由エ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「変数の出力（Monitor）」を作成しました (ページの作成:「 &monitor を FreeFlex 本体の入力ファイル中のネームリストに用いることで、 MD 計算で時々変化する変数（座標、速度、力、エネ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「バイアス・ポテンシャルの利用」を作成しました (ページの作成:「FreeFlexでは、さまざまなバイアス・ポテンシャルを設定することが容易である。FreeFlexのコード開発に沿って、4通りのバイアス…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:12 Hirano トーク 投稿記録 がページ「拘束計算」を作成しました (ページの作成:「 一般化座標を４ 章のようにユーザー定義して与えた際に、その座標を拘束した計算が一般的に可能である。 == ネームリ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:11 Hirano トーク 投稿記録 がページ「一般化座標(ユーザー定義座標)」を作成しました (ページの作成:「 FreeFlexの一つの大きな特徴は、ユーザーが独自に一般化座標を使用して、その値やその上の自由エネルギー面を計算できるこ…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:11 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&FEP および tools/FEPBIAS.exe中の&INPUT」を作成しました (ページの作成:「 自由エネルギー摂動 (Free Energy Perturbation (FEP)) 計算に関わる入力。ポテンシャルの式の形などのより詳細な実装は チュート…」)
- 2026年5月26日 (火) 03:10 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Biasmk4 system」を作成しました (ページの作成:「== Background == Bias は、ユーザー定義の一般化座標 (一般化座標(ユーザー定義座標) を参照) に対して任意のバイアス・ポテン…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:52 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Monitor System」を作成しました (ページの作成:「 ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。 ;condition: 条件設…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&spcoord」を作成しました (ページの作成:「 ユーザー定義座標を指定する。2つ以上のユーザー定義座標を与えるには、&spcoordを2つ以上並べて用意する。 ;condition: 条件設…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&addCOM」を作成しました (ページの作成:「 サイトのグループの重心座標を与える。重心座標を用いて一般化座標などを定義する際に用いられる。複数の重心を追加す…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&constraint」を作成しました (ページの作成:「== 拘束計算（５ 章）全体を管理する変数== ;tolerance: SHAKE-RATTLE法の収束の判定条件に使うパラメータ（default: 1.0d-16 angstroms…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:51 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&addconstr」を作成しました (ページの作成:「 拘束条件を課す座標およびその拘束条件を指定する。2つ以上の拘束条件を課す際には、&addconstr をそれぞれ用意して並べる…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:46 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&gauss fit」を作成しました (ページの作成:「プログラムgauss_fit.exeに関する説明はチュートリアル09:ガウス関数を用いた自由エネルギー面のフィッティング|チュートリア…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:46 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&WHAMSETTING」を作成しました (ページの作成:「;wham_mode: The switch for WHAM analysis. When it is true, normal MD simulation will not be performed in FreeFlex.exe. ;mpi_size: WHAM計算を実施するMDの並列ト…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:45 Hirano トーク 投稿記録 がページ「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS)」を作成しました (ページの作成:「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) is implemented by utilizing MPI & biasmk4_struct. <del>Compatibility with biasmk3_struct might be added later.</del…」)
- 2026年5月26日 (火) 02:45 Hirano トーク 投稿記録 がページ「&dE dim and &dE param」を作成しました (ページの作成:「;(1)&dE_dim ;nsite_redox: 電子移動により分子パラメータ(電荷,分極率およびLJパラメータ)の変化するサイトの総数 ;(2)&dE_param ;id_redox…」)