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• 2026年5月26日 (火) 04:25 ‎Tools/z dist.exe (履歴 | 編集) ‎[86バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「z方向の分布関数を求めるプログラム。 汎用化はされていない。」)
• 2026年5月26日 (火) 04:25 ‎Tools/watnumdist.exe (履歴 | 編集) ‎[109バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「イオン周りの水分子数の分布関数を作成するプログラム。 汎用化されていない。」)
• 2026年5月26日 (火) 04:25 ‎Tools/show energy.exe (履歴 | 編集) ‎[229バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「FreeFlex のログファイルから各種エネルギーの変化のグラフを作成するプログラム。 使い方: ./show_energy.exe log ndata *log: ログ…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:24 ‎Tools/search traj.exe (履歴 | 編集) ‎[629バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「トラジェクトリ情報が記載されたxyzファイルから特定の構造を取り出すプログラム。 取り出す構造はプログラム中の #define KEYW…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:24 ‎Tools/fep 2d to 1d.exe (履歴 | 編集) ‎[151バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「二次元自由エネルギー曲面を積分し、一次元の自由エネルギー曲線を得るプログラム。 汎用化はされていない。」)
• 2026年5月26日 (火) 04:24 ‎Tools/avarage2d.exe (履歴 | 編集) ‎[130バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「イオン周りの水分子数の平均値の二次元マップを作成するプログラム。 汎用化はされていない。」)
• 2026年5月26日 (火) 04:24 ‎Tools/RDF.exe (履歴 | 編集) ‎[192バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「RDF を計算するプログラム。 聆鉴君が作成。 ネームリストによる汎用化されている。簡単な使い方のチュートリアルを作って…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:23 ‎Tools/FEPSHOW.exe (履歴 | 編集) ‎[168バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「tools/FEPSHOW.exe: ２つの状態間の自由エネルギー差を求めるプログラム。チュートリアル04:自由エネルギー摂動計算 を参照。」)
• 2026年5月26日 (火) 04:23 ‎Old/unlap.exe (履歴 | 編集) ‎[572バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「msファイルの分子の重なりを除去するプログラム。 初期構造の緩和に用いる。 同じグループでないサイト間の距離を一定距離…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:23 ‎Xyz2ms.exe (履歴 | 編集) ‎[147バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「msファイル中の座標をxyzファイルの座標で上書きするプログラム。 使い方: ./xyz2ms.exe input.xyz input.ms output.ms」)
• 2026年5月26日 (火) 04:22 ‎Wham.exe (履歴 | 編集) ‎[239バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「WHAM 計算を行うプログラム。古いバイアス・ポテンシャル（bias_struct）に対して作成されているため新しいバイアス・ポテンシ…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:22 ‎Ms2xyz.exe (履歴 | 編集) ‎[113バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「msファイルをxyzファイルに変換するプログラム。 使い方: ./ms2xyz.exe input.ms output.xyz」)
• 2026年5月26日 (火) 04:22 ‎Gauss fit.exe (履歴 | 編集) ‎[231バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「WHAMで計算した自由エネルギー面を、多数のガウス関数でフィッティングするプログラム。 使い方:./gauss_fit.exe input.nml *input.nml…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:22 ‎Add.exe (履歴 | 編集) ‎[247バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「初期構造作成のためのプログラム。現行版はadd2.exeである。 使い方:./add2.exe input.nml output.ms *input.nml: &system 及び &add ネームリ…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:21 ‎FreeFlex.exe (履歴 | 編集) ‎[182バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「MD計算を行うプログラム。 使い方: ./FreeFlex.exe input.nml *input.nml: &FreeFlex及びその他各種アドイン等のネームリストを記載したフ…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:21 ‎拡張構造体を使ったプログラミングにおける問題と解決策 (履歴 | 編集) ‎[2,538バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「Fortran で拡張構造体を利用する場合、言語仕様に伴ういくつかの困難が存在する。 本ページではそれらについて示すとともに…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:21 ‎（旧）各種ドキュメントの説明 (履歴 | 編集) ‎[3,647バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 各種ドキュメントの説明 == ;analysis.docx: anlysis.exe に関する説明。 ;bias.nb:電場を制御したMDで使用するバイアス関数を考察す…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:21 ‎Git簡易マニュアル (履歴 | 編集) ‎[6,737バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「　gitはプログラム開発の過程のバージョン管理を自動化するツールで、ネットワーク上で複数人でのプログラム開発を行う上…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:20 ‎コーディングルール (履歴 | 編集) ‎[5,903バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「　複数人でプログラム開発を行うときには、ソースコード全体の統一を保って読みやすく管理しやすくするため、一定の共通…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:20 ‎Common module (履歴 | 編集) ‎[15,136バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「　commonモジュール(module common_module)内には、プログラム全体で共通性の高い定数や手続きがまとめられている。これらの定数や…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:19 ‎Flexlist module (履歴 | 編集) ‎[3,775バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「　Flexiest モジュールは、サイズ可変のリスト型データの集まりのフォーマットを変換するサブルーチンをまとめたものである…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:19 ‎LIST DATA (履歴 | 編集) ‎[1,659バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== Introduction == The list_data_module defined in list_data.F contains an extendable LIST_DATA struct that is used by linked_list_struct and Dicti…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:19 ‎Bias system (履歴 | 編集) ‎[16,449バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== Background == Bias は、ユーザー定義の一般化座標 (一般化座標(ユーザー定義座標) を参照) に対して任意のバイアス・ポテン…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:19 ‎Conductor struct (履歴 | 編集) ‎[6,174バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 概要 == conductor_struct は導体分子の設定とMD中の分極計算を管理する構造体。 == 変数 == conductor_struct の主な構成変数を以下の…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:18 ‎Constraint struct (履歴 | 編集) ‎[1,030バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== Background == Constraint2 は、分子内の内部座標やユーザー定義の一般化座標 (spcoord_struct を参照) に拘束をかける機能を与える…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:18 ‎Coord struct (履歴 | 編集) ‎[122バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== Background == coord_struct 構造体の解説は、一般化座標(ユーザー定義座標) を参照のこと。」)
• 2026年5月26日 (火) 04:18 ‎System struct (履歴 | 編集) ‎[16,789バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 概要 == system_struct は ms ファイルに対する操作を行う構造体である。 現在、(ms ファイルの)バージョンが0.3未満と0.3以上で仕…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:17 ‎Delaunay triangulation (履歴 | 編集) ‎[5,953バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「This page provides basic information about "delaunay_tri_struct". The "delaunay_tri_struct" contains a subroutine that calculates the Delaunay triangulation from given se…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:17 ‎Dictionary data structure (履歴 | 編集) ‎[3,044バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「==Background== The struct that provides user access to dictionary data structure. This dictionary is actually an array of linked lists managed by a simple hash table.…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:17 ‎Diis struct (履歴 | 編集) ‎[2,932バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 概要 == diis_struct はSCF計算に対する収束加速法であるDIIS法の計算を行う構造体である。 SCF計算は分極計算やWHAM計算等、多く…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:16 ‎Fft struct (履歴 | 編集) ‎[2,708バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 == 概要 == 　プログラムの本体に直接高速フーリエ変換ライブラリの関数を使ってしまうと、ライブラリの移行が困難になる。…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:16 ‎Grid data 1d struct (履歴 | 編集) ‎[1,443バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 概要 == grid_data_1d_struct は等間隔の一次元格子上のデータを取り扱う構造体である。 同様の機能を持つ構造体として graph_stru…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:16 ‎Grid data 2d struct (履歴 | 編集) ‎[2,526バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 概要 == grid_data_2d_struct は等間隔の二次元格子上のデータを取り扱う構造体である。 同様の機能を持つ構造体として graph_stru…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:16 ‎Linked list (履歴 | 編集) ‎[8,658バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== Background == Linked list (March. 18, 2016, 11:40 UTC). In Wikipedia: The Free Encyclopedia. Retrieved from [https://en.wikipedia.org/wiki/Linked_list] In computer…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:15 ‎Graph theory algorithms (履歴 | 編集) ‎[6,313バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「This page provides basic information about "math_graph_plus_struct". The "math_graph_plus_struct" provides user access to a number of graph theory algorithms. '''The gra…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:15 ‎Piecewise polynomial struct (履歴 | 編集) ‎[3,514バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 概要 == piecewise_polynomial_struct は多項式と分岐条件で作られる一次元の区分多項式を解析的に取り扱うために作られた構造体で…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:15 ‎Piecewise struct (履歴 | 編集) ‎[2,974バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「区分構造を扱う構造体。 ここで区分構造とは数直線の切り分け方を意味する。 例えば数直線を 0, 1 で切り分ける場合、 数直…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:14 ‎Polynomial2 struct (履歴 | 編集) ‎[2,898バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「多項式の計算を行う構造体。 和・差・積、微分・積分、シフト・反転 等の操作が行える。 == サンプルコード == <source lang="for…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:14 ‎周期境界条件下の分極についての考察 (履歴 | 編集) ‎[3,906バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 == 剰余計算で成り立つ関係式 == <math>x</math> の <math>y</math> を法とする剰余を <math>x\ \bmod\ y</math> と書く。 この時、 *<math> (x\ \bmo…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:14 ‎REUS法の交換確率の見積もり (履歴 | 編集) ‎[2,367バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「Hamiltonian Replica Exchange Umbrella Sampling (HREUS) 法において、隣接したバイアスポテンシャルの交換確率の見積もりを与える。 ここで…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:13 ‎Weighted Histogram Analysis Method (履歴 | 編集) ‎[10,489バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 1.Multiple Histogram Reweighting == カノニカルアンサンブルにおいてある座標<math>Q(\mathbf{r}^N)</math> に関してバイアスポテンシャル<ma…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:13 ‎1/r の発散の防止について (履歴 | 編集) ‎[4,274バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「== 方針 == 　ポテンシャル等 <math> f \left( \frac{1}{r} \right) </math>　で定義される関数は、<math>r \ll 1 </math>　において発散を生じる…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:13 ‎Balanced search tree (履歴 | 編集) ‎[5,950バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「This page explains the details of balanced search tree data structure used by Delaunay triangulation. = Background = [https://www.cs.cmu.edu/afs/cs/academic/class/15…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:13 ‎電位差一定のMD計算 (履歴 | 編集) ‎[16,987バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 == 基本的なアイデア == 　拡張系による圧力制御、温度制御の方法に倣い、MD計算に仮想的なコンデンサを結合させることで電…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:12 ‎内部座標に対する微分の式 (履歴 | 編集) ‎[34,037バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「ここでは、内部座標の定義とその微分の式を記す。 == 数式の notation == ・ベクトルの下付き添字の2つのアルファベットは <math>…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:12 ‎Gauss関数による離散データのfitting (履歴 | 編集) ‎[224バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「Newton-Raphson法を利用し、任意次元の離散データを任意数のGauss関数でfittingする。 プログラムgauss_fit.exeにより実行可能。 式の…」)
• 2026年5月26日 (火) 04:12 ‎溶液界面のグランドカノニカルMD (履歴 | 編集) ‎[329バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「溶液の界面系（気液界面・液液界面）を対象として、溶質のバルク密度を一定とするグランドカノニカルMDが実行できる。 シ…」)
• 2026年5月26日 (火) 03:13 ‎自由エネルギー計算【未完成】 (履歴 | 編集) ‎[2,527バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 == overlapping distribution法 == <math> q_0 = \int d\mathbf{r}^N \exp[-\beta U_0 (\mathbf{r}^N)] \\ q_1 = \int d\mathbf{r}^N \exp[-\beta U_1 (\mathbf{r}^N)] </math>…」)
• 2026年5月26日 (火) 03:12 ‎結果の解析（Analysis） (履歴 | 編集) ‎[3,738バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 monitor システムによって出力されたデータファイルを解析するためのプログラム。 平均値、分布関数、時間相関関数、自由エ…」)
• 2026年5月26日 (火) 03:12 ‎変数の出力（Monitor） (履歴 | 編集) ‎[20,376バイト] ‎Hirano (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「 &monitor を FreeFlex 本体の入力ファイル中のネームリストに用いることで、 MD 計算で時々変化する変数（座標、速度、力、エネ…」)

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