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- Add.exe (1版)
- &addconstr (1版)
- &FEP および tools/FEPBIAS.exe中の&INPUT (1版)
- Balanced search tree (1版)
- チュートリアル02：並列実行 (1版)
- 拘束計算 (1版)
- Ms2xyz.exe (1版)
- 溶液界面のグランドカノニカルMD (1版)
- Mkbias.exe (1版)
- チュートリアル12:導体モデルを用いた固液界面のMD計算 (1版)
- Delaunay triangulation (1版)
- チュートリアル09:ガウス関数を用いた自由エネルギー面のフィッティング (1版)
- チュートリアル10:溶液界面のグランドカノニカルMD (1版)
- Coord struct (1版)
- 入力03 (1版)
- &nonLB (1版)
- Piecewise polynomial struct (1版)
- Common module (1版)
- 内部座標に対する微分の式 (1版)
- Tools/avarage2d.exe (1版)
- &conductor (1版)
- &gauss fit (1版)
- Conductor struct (1版)
- チュートリアル03:water finger の解析 (1版)
- (水溶液界面のグランドカノニカルMD) (1版)
- Xyz2ms.exe (1版)
- &systemとmsファイルの変数 (1版)
- (チュートリアル05:拘束計算) (1版)
- REUS法の交換確率の見積もり (1版)
- （旧）各種ドキュメントの説明 (1版)
- Biasmk4 system (1版)
- 数式の書き方 (1版)
- Tools/fep 2d to 1d.exe (1版)
- &dE dim and &dE param (1版)
- Tools/tapstep fit.exe (1版)
- Tools/analysis.exe (1版)
- Graph theory algorithms (1版)
- Bias system (1版)
- Tools/FEPSHOW.exe (1版)
- Old/unlap.exe (1版)
- Tools/therm int.exe (1版)
- Grid data 2d struct (1版)
- 結果の解析（Analysis） (1版)
- &gc, &gc bias, &gc density, &gc free, &gcbias, &accel dequil (1版)
- System struct (1版)
- 入力04 (1版)
- Tools/search traj.exe (1版)
- Grid data 1d struct (1版)
- 自由エネルギー計算【未完成】 (1版)
- Flexlist module (1版)